亞理斯多德原則上將知識分成三個種類：1）理論的；2）實踐的；3）生產性的知識。這個區分原則是顯而易見且符合常識的：理論知識(epistēme)為了知識本身的緣故追求知識，實踐知識乃是關於如何做高貴良善的行動，至於生產性知識，亦即技藝(technē)，則是針對創造具實際用途的事物。當然，這個區分也是根據亞理斯多德自己對於人類理性活動的反省思考作出的。我們的理性活動可分為三類：1）純粹的理論思考(theoria)；2）實踐活動(praxis)；3）生產活動(poiēsis)。理論思考與後兩類活動的區分在於，理論思考針對原則不可變的事物(EN VI 1)；實踐與生產活動雖然都關於原則可變的事物，但實踐活動的目的是內在於活動之中，活動與行動者的內在品質也是不可分的；反之，生產活動的目的─它的產品，不僅是在生產者以外，也是外在於活動本身的(EN I 1)。
亞理斯多德自己的哲學系統，也是按照這個知識分類區分的。理論知識包含了形上學、數學、物理學、靈魂理論以及有關生物現象的著作；實踐知識則是包含了倫理學與政治學；至於生產性知識，亞理斯多德只提出了詩學與修辭學（因為他畢竟是哲學家而不是工匠），分別關於如何創造美好的詩作以及有效成功的說服。
不過，無論這三種知識如何區分，它們都是依循一個基本的研究取向：從「現象」(phainomenon)出發：亞理斯多德強調，任何認識學習，都是從「我們更加熟知的事物」朝向「根據事物本性」更加被精確認識的事物(ta saphestera tē(i) physei kai gnōrimōtera; Phys. I 1)。所謂「我們更加熟知的事物」就是事物表面的現象，而「根據事物本性」更加被精確認識的事物，乃是指作為現象基礎，能夠解釋現象的原理或法則。這種從現象出發的研究取向，顯示了亞理斯多德哲學基本的經驗主義立場。
亞理斯多德主要是在《後分析篇》(Analytica Posteriora)，發展他有關理論知識(epistēme)或者科學證明的構想。他認為，「理論知識」不能夠只是找到現象背後的原理而已，而是必須也能夠藉這些原理來解釋它原先出發的起點─現象，因此理論知識具有兩個結構上的特點：1）它必須將現象與現象背後的原理原則展現成一個三段論系統，這樣一個由原理來解釋現象的三段論，就是所謂的（科學）證明(apodeixis)。2）由於理論知識所關連的對象乃是原則不可變的事物，因此它的證明所依賴的前提，必須是必然的；這些必然的前提，揭示了世界的因果結構與自然法則。舉一個科學證明例子來說，科學知識不能夠只是知道雲中有雷聲，而是必須解釋為何雲中有雷聲。藉由三段論的形式，我們可以藉由[前提1]─火的熄滅會產生聲響，與[前提2]─雲中有火的熄滅，來解釋[結論]─雲中出現聲響（雷聲）。值得注意之處是，這樣一種科學解釋模式，乃是向下的推論形式（反對稱性的解釋）：對於結論的知識乃是依賴於對前提的知識，但前提卻是可以獨立於結論而被認識。例如在前例中，雷聲的出現是經由兩個前提來解釋，但這兩個前提都是獨立於結論而被認識的：火的熄滅會產生聲響乃是根據經驗觀察，雲中有火的熄滅則是關於閃電的定義。這樣一種在科學解釋中的反對稱關係，也說明了為何亞理斯多德認為，那些作為解釋前提的原理原則，乃是「根據事物本性」更加被精確認識的事物。
然而，亞理斯多德這樣一種科學解釋構想，將面臨一個惱人的問題：科學證明要如何開始？如果科學解釋就在於，藉由三段論的演繹將必然的前提導向結論，那麼我們要如何得知，推論所依賴的前提是必然為真，絕對可靠的？假使我們為這些前提再建立一個演繹系統來證明它們必然為真，那麼這將陷入無限逆推的問題；但從結論來解釋前提，則會陷入循環論證的危機。亞理斯多德排除這兩種證明前提為真的方式，反之他認為，科學證明所依賴的根本前提或者第一原則，乃是由理性(nous)直接把握到的。在《後分析篇》第二書第十九章，他描述了認知者如何從知覺朝向記憶，由記憶朝向經驗(empeiria)，最後再由經驗累積而達到第一原則的把握，也就是對於它的理性認識(APo. 100a10-b6)。顯然，這是歸納方法的粗略描述；但亞理斯多德所運用的歸納法仍有別於近代的歸納法，因為他強調，作為現象最終根據的第一原則，仍是需要理性來做最終的把握與確認。（反之，近代歸納法則是強調，只要將歸納法運用得宜，自然現象的法則自己會浮現，而比較忽略認知主體主動的參與。）
然而，令人訝異的是，除了少數有關生物現象的著作以外，亞理斯多德大多數的哲學著作，基本上都不是依循這個在《後分析篇》提出的理論知識與科學證明的構想；甚至那些被歸類為理論知識的學科，如形上學、物理學與靈魂理論等，都完全不是按照歸納法來尋求第一原則，進而展現成三段論的證明系統。這主要的理由是，這些哲學學門所面對的「現象」，並不是如同一般自然科學要解釋的現象那樣明確易於辨認。例如形上學一開始探問，什麼是「原因」或者「本原」(archē)，物理學要探求的「變動」(kinēsis)以及「時間」的定義，或者靈魂理論探究的靈魂定義與各項靈魂能力等，顯然都不是輕易可以藉由歸納方法找到解答的。因此，除了歸納法以外，亞理斯多德提出了另一種探索研究所依賴的第一原則的方式─「辯證法」。辯證法同樣也是從現象出發；但是，除了現象以外，辯證法亦藉助所謂的「主流見解」(endoxa)來探索第一原則。亞理斯多德在《尼各馬可倫理學》第七書討論「無自制力」(akrasia)問題時，對這種探索方法描述如下：
如同在其它的情況，我們必須首先確立現象(phainomena)，而在遭遇難題之後，我們必須證明關於這些事態的主流見解(endoxa)，假使不能證明它們都為真，至少證明它們之中大多數與最重要的為真。因為當那些困難的問題被解決了，而主流見解也被保留下來，我們就得到了充分的證明。(EN 1145b2-7)
在面對較為複雜的哲學議題時，這些議題面臨的現象經常本身就呈現許多矛盾之處；為了解決這些「難題」(aporiai)，我們有時必須援引關於這些現象的「主流見解」。然而，由於這些現象本身就呈現許多難題，因此主流見解─關於這些現象的「意見」─彼此之間也存在許多衝突。因此，運用辯證法，亞理斯多德並不是要全盤接受、證明這些主流見解；反之，辯證法是要將各種衝突的現象與主流見解彼此之間，做一交互對比去蕪存菁的工作。因此，辯證法可說是一種修正、純化主流見解的方法。當然，亞理斯多德並不排除，經過修正過的主流見解，有時是可以被保留在最後的解答之中。（例如《尼各馬可倫理學》第一書提出的「幸福」觀點，便涵蓋主流見解提出的幸福構想─快樂、榮譽、金錢、德性等。）
「主流見解」(endoxon/endoxa)一詞其實是亞理斯多德自己的發明。這個詞源自endoxos─意指有名望、值得尊敬的人。因此，「主流見解」就是那些一般大眾所接受、通常由那些最有聲望之人提出的意見：「主流見解就是所有人或多數人或者智者的看法，或者在智者之中，所有或多數或者那些最出名與富聲望之人的看法」(Top. 100b21-23)。
關於亞理斯多德辯證法的使用，有另外兩個特點值得一提。第一，在對「現象」與「主流見解」做交互比對與檢驗時，亞理斯多德有時比較偏向現象的可靠性，而藉現象來駁斥或修正某個主流見解。例如在討論「無自制力」問題，亞理斯多德直截了當地指出，蘇格拉底否認存在無自制力的見解，乃是「違背現象」。這當然是亞理斯多德基本的經驗論立場所致，因為他認為，現象在很大程度上留下了真理的足跡（這是亞理斯多德與柏拉圖哲學立場一個關鍵分歧）。第二，即使亞理斯多德經常藉現象來檢驗主流見解，在種類上兩者並不是相互對立；事實上，主流見解可被看成是現象的一個次種類(EN 1145b3-8)，這也導致某些學者並不會將兩者做嚴格區分。
「辯證法」(dialektikē)其實並不時亞理斯多德首創的研究方法，它其實是源自蘇格拉底的「反駁法」(elenchus)；從字根上看，辯證法就是對話術的意思。「辯證法」一詞最早是由柏拉圖提出的，主要是一種「向上」的探索方法(Rep. 511b-e)─在數學基礎上向上探索高等以及最高理型（善）。亞理斯多德繼受柏拉圖辯證法的構想加以修正，將其擴大應用到幾乎所有哲學的範疇。亞理斯多德曾指出，辯證法的一個用途之一，就是探討「以哲學方式處理的知識」(pros tas kata philosophian epistēmas; Top. 101a27-28)。[1]
無論我們藉歸納法還是辯證法，都是要得到哲學或其它知識學科所依賴的第一原則；這些第一原則表達了實存世界真實必然的特徵，也就是事物的本質。根據亞理斯多德，我們是藉由「定義」(logos, horimos)來把握事物的本質。因此，亞理斯多德所理解的定義，多半都是表達事物本質的「本質定義」(logos tēs ousias)。這樣一種定義─本質之間的對應關係，也代表了亞理斯多德哲學基本的實在論立場。
亞理斯多德對於本質的構想，基本上符合我們一般對於本質的理解：本質就是使事物存在、是它所是之事物（屬於其種類）的關鍵特徵。這個關鍵特徵解釋了事物「是什麼」。例如，要解釋「人是什麼」，我們不能藉「人」這個種類一些偶然、非普遍的特徵（例如膚色），也不能藉助太過普遍，與其它事物共享的特徵（例如社會性─許多動物都是政治動物），而是必須藉由「人」特有的特徵─理性。不過，本質除了是決定事物「是什麼」的關鍵因素以外，亞理斯多德還賦予本質另一項解釋功能：本質還必須能解釋事物的「專有屬性」或者「專性」(idia；中世紀哲學稱專性的術語是propria)。「專性」雖是非本質屬性，但也是事物必須具備，與其存在相關的「必要屬性」，因為專性乃是邏輯上必然從本質得出的。例如，「書寫能力」乃是人必然具備的專性，而「書寫能力」正是從人的本質─理性必然得出的特性，理性解釋了人為何具備書寫的潛能。
當然，亞理斯多德承認，並不是所有的定義都一定是描述實存世界特徵的本質定義；他承認某些定義單純只是字詞上的定義，而沒有任何實存的意涵。例如，「山羊牡鹿」的定義的確具有字詞上的意義，但這種定義並不是本質定義，因為自然界沒有山羊牡鹿這類事物。此外，亞理斯多德也注意到，某些字詞對應到不只一個本質定義，而是同名異義的(homōnyma)或者「以不同方式被陳述的」(pollachōs legomena)。在《範疇論》第一章，亞理斯多德以「人」與「畫中之人」為例：兩者作為動物的本質定義是不同的，因為「畫中之人」雖可被稱做是人或是動物，但本質上仍是畫。反之，「蘇格拉底是人」與「柏拉圖是人」，這兩句表述中的「人」定義是相同的。
在生活中同名異義的例子相當多，例如英文“bank”意謂「河岸」也意謂「銀行」。中文最近流行的用語「94狂」其中「94」當然不是意指數字上九十四的意思，而是「就是」的諧音。這類同名異義的詞彙是純粹建立在語詞巧合上的，也是最容易辨認的；這類同名異義關係當然沒有什麼哲學上的研究旨趣。亞理斯多德之所以關注同名異義問題，乃是因為某些同名異義的詞彙，具有部分的意義重疊。例如，「上網」雖然同時意謂「連上網路」與「打網球的一種動作」，但這兩者的意義也不是毫無關係。更值得注意之處是，某些哲學上關鍵的詞彙，就呈現這樣的具有部分重疊意義的同名異義關係，例如「正義」：「蘇格拉底是正義的」、「這個判決是正義的」與「社會主義制度是正義的」，這三者之間的「正義」意義顯然不一樣，但彼此也不是毫無關係。除了「正義」以外，「善」跟「存在」同樣被視為這類的同名異義關係。
揭示這類具部分重疊意義的同名異義關係，標示著亞理斯多德與柏拉圖、蘇格拉底哲學之間的重大分歧點；蘇格拉底與柏拉圖皆認為，同名事物假使不是基於語言巧合而成為同名事物的話，那麼這些事物都分享同一個共相。例如柏拉圖在《國家篇》第二書至第四書有關正義的論述，基本上便假定個人正義與城邦正義是一致的；此外，「善的理型」作為最高共相，不僅是所有善的事物之所以為善的根據，甚至被柏拉圖當作所有存有物存在的根據。這些作法的反映了柏拉圖哲學過度濫設共相的立場。亞理斯多德指出，「許多同名異義事物由於意義相近，它們的同名異義關係，並不是如同在那些意義距離遙遠的事物那樣明顯」(EN 1129a27-28)。柏拉圖哲學就是忽略了這個事實：許多同名異義事物雖然具有意義的關連性，但仍然是同名異義事物，因此並不分享同一個共相或者本質。
亞理斯多德雖是將邏輯與有效推論系統化的奠基者，然而，在他的知識系統內，邏輯並不算是一門獨立的知識學科，因為邏輯僅處理一般的陳述與推論，而沒有限定任何主題與討論對象；因此，邏輯只是哲學研究的一般工具，而不是像形上學或倫理學那樣一門獨立的哲學領域。亞理斯多德的邏輯思想，主要呈現在被中世紀集合成《工具論》(Organon)的六部著作：《範疇論》、《論解釋》、《前分析篇》、《後分析篇》、《論題篇》、《論詭辯性的反駁》。《範疇論》主要探討孤立字詞之間，以及這些字詞所表徵的事物之間的關係。《論解釋》則探討字詞如何結合而成單純的陳述。《前分析篇》則是討論有效推論（三段論）的各種形式，以及探討三段論前提的各個項目該如何分配，以產生一個有效推論。《後分析篇》則是討論如何將《前分析篇》研究三段論的成果應用到科學解釋之中，以建構理論知識(epistēme)。《論題篇》乃是探討如何處理「論題」（特別是哲學論題）的方式，也就是探討辯證法與如何運用辯證性論述的一本工具書。《論詭辯性的反駁》則是處理邏輯上的謬誤，特別是討論如何揭示詭辯家貌似有效的反駁，但實際上卻是謬誤與無效的推論。
由於《範疇論》並不單純只處理孤立字詞之間的關係，而是也探討這些字詞所表徵的存有物基本種類以及它們之間的關連，因此《範疇論》也可被當作是一本形上學著作，甚至代表了亞理斯多德早期的形上學實體論思想。根據亞理斯多德，在我們陳述中每一個孤立的字詞都表徵某個事物，而這個事物可以被歸類為十個範疇之一：實體、數量、性質、關係、地點、時間、姿態、擁有、作用、承受。亞理斯多德顯然是反省希臘文的語句結構的到這個範疇劃分。這個範疇劃分乃是亞理斯多德提出「存在」乃是同名異義的或者「存在是以各種方式被述說的」論點的基礎之一：各種存在物之間並沒有「存在」這個共相，因此也沒有關於「存在」一個單一的定義；反之，「存在」的意義是按照範疇分類而劃分的。亞理斯多德認為，柏拉圖與巴曼尼德斯(Parmenides)都錯誤地為「存在」提出一個單一的定義；範疇理論就是要避免這個錯誤。
範疇劃分另一個存有論上的重大意義在於，存有事物根據範疇劃分呈現出不對稱的依存關係：實體(ousia)與非實體範疇（偶性）在存有位階上是不同的；因為任何偶性都是存在於實體之中，因此沒有實體，偶性是不能存在的。此外，實體之中亦可再區分為個體或首要實體(prōtē ousia)，例如蘇格拉底，以及次要實體(deutera ousia)，亦即個體所屬的種類，例如人或者動物。由於次要實體乃是用以陳述首要實體，因此它亦依存於後者。這兩種不對稱的依存關係，亞理斯多德顯然是反省我們語言陳述基本結構得到的：
其它所有事物或者是針對作為主體的首要實體述說的，或者是存在於作為主體的首要實體之中；因此，假如沒有首要實體，任何其它事物不可能存在。(Cat. 2b3-6)
亞理斯多德在此區別了兩種陳述：1）本質性陳述：例如「蘇格拉底是人」（「人」用來陳述「蘇格拉底」）；2）偶然性陳述：例如「蘇格拉底是白色的」（「白」在「蘇格拉底」之中）。當然，亞理斯多德也承認，非實體範疇也具有本質性陳述，例如「白色是顏色」，顏色表達了白色的種類。不過，無論如何，所有其它非首要實體事物，都必須依存首要實體─個體才能存在，因為它們或者用以陳述個體，或者（直接或間接）存在於個體之中。由於個體（例如蘇格拉底）並不用於陳述另一主體，也不在另一主體之中，個體並不依存任何其它事物，而是可以獨立自存。因此，在《範疇論》中，一般個體被認為在存有上是最根本的；這顯示出反對柏拉圖以共相或理型為根本存有的立場。
亞理斯多德的《物理學》(Physica)，從字詞意義上看，就是處理「自然」或者事物「本性」(physis)的學問。所謂事物的「本性」，就是內在於事物中變動或靜止的開端或原則(Phys. II 1)，因此《物理學》主要探討的是自然實體的變動(kinēsis)問題，以及變動這個自然現象最一般的特徵，例如原因、時間、空間、無限性、連續性等等。亞理斯多德在討論這些問題時，是以辯證法進行的；他提出並試圖解決在理解自然變動時遭遇的難題。為了對於自然變動問題提出一個更合理的解釋，除了利用在《範疇論》得到的實體/非實體範疇區分以外，亞理斯多德也運用了他形上學的某些重要概念，例如形式、材質、潛能、實現等。
亞理斯多德《物理學》面對的第一個難題，便是由巴曼尼德斯(Parmenides)否認存在「變動」的論點。巴曼尼德斯認為，由於不存在「虛無」，但任何變動都是從無到有（或相反）的過程，因此不存在變動。然而，變動分明是一個基本現象(phainomenon)，因此，在保存現象的基本立場下，亞理斯多德勢必要解釋變動如何可能。亞理斯多德克服巴曼尼德斯難題的方式，便是指出任何變動都不是全然從無到有，而是在變動過程中有某些因素保持不變；因此，任何變動都至少牽涉兩個因素：1）某種持存的事物，2）某種被改變（獲取或喪失）的事物。例如，當蘇格拉底（的膚色）從白變黑，蘇格拉底作為變動的主體（hypokeimenon，亦即「載體」之意）是保持不變的，但白色喪失了，而黑色被他獲取了；這是所謂的性質變動。假使他的體重增加了，蘇格拉底仍然是保持不變，變動的是屬於數量範疇的體重；因此這是一種數量變動。很明顯，在這類單純屬性變動過程中始終維持不變的主體，便是《範疇論》提出的首要實體，亦即個體。《範疇論》曾經提出，首要實體在語言陳述以及存在上具有特別的優先地位，這種優先地位也反映在變動上：首要實體與其它非實體屬性的關鍵區別在於，首要實體能在變動中保持不變，承受屬性的變化。
當然，首要實體─個體本身也絕不是完全不會經歷任何變動；關於實體的變動是生成與消逝。為了解釋實體本身的變動，亞理斯多德利用了「形式」與「材質」的概念。當然，在實體的變動中，某些因素仍然是保持不變的。例如，假使我們將一銅塊製作成雕像，銅塊是保持不變的主體，它得到雕像的型態。對應到形式/材質的區分，在個體生成中，變動主體是材質(hylē)，材質獲取的是形式(eidos)。不過，這種有關實體生成、消逝的變動，雖與前述單純的屬性變動結構類似；但是，在生成（或消逝）過程中，材質獲取的並非一般可有可無的形式，而是實體性的形式（本質）。
因此，無論是一般屬性的變動還是實體的生成消逝，都絕非從虛無而來，因為在任何的變動中，都有某個事物被保留下來，而某個其它因素被獲取或喪失。在實體的生成或消逝中，被獲取或喪失的是實體性的形式；而在一般屬性的變動中，主體得到或喪失的則是偶然的形式。不過，引進「材質」與「形式」來解釋變動，也使得亞理斯多德的變動構想更為複雜，因為材質與形式恰好對應到另一組形上學概念─潛能(dynamis)與實現(energeia)[2]。事實上，亞理斯多德便是藉這組概念來定義「變動」：變動就是「潛能者作為如此這般潛能者的實現」(Phys. 201a10-11)。例如，建築房子是一種變動，但這個變動乃是實現建材作為「可被建築者」的潛能；完成的房子，便是這個潛能完全的實現。很明顯，當房子完成時，建材作為「可被建築者」的潛能亦窮盡而喪失（建材此時不再作為可被建築者，而是作為房子的材質）。這個在變動中變動潛能與其完全實現狀態之間的互斥關係，也導致亞理斯多德強調，變動作為某種潛能的實現，乃是「未完成的」(Phys. 201b32)。「未完成的」標示在變動中，變動潛能乃是處在「未實現」與「完全實現」之間的中間狀態：假使變動潛能完全未實現，則變動仍未發生；但假使它完全被實現，變動亦將終止。因此，在變動中，變動潛能必須「作為如此這般」的潛能被實現。
引進潛能/實現這組概念來討論變動，表示亞理斯多德自始至終都是從目的論的角度來思考變動，因為潛能必定指向某種現實性，也就是某種目的。因此，一個變動個體的發展，可以被看成是一個從潛能朝向現實的過程。潛能基本上連結到材質，而現實性則連結到形式。因此，一個橡實雖然還不是一棵樹，但它具備成為樹的潛能（因為它已具備樹的材質）。現實橡樹的形式，引導著整個發展過程；在成為橡樹的變動過程中，橡實逐步喪失它橡實的形式，而獲取橡樹的形式。然而，橡實能夠接受橡樹形式的潛能，乃是使它是橡實的關鍵因素；橡實不會變成橘子，因為它沒有接受橘子形式的潛能。
有關亞理斯多德的目的論思想，有一點值得注意之處是，目的論雖然特別適用於解釋人類行動與人造物的製作，然而，亞理斯多德卻將目的論思想擴大運用於解釋自然萬物（特別是具備生命的有機體）。此外，對亞理斯多德而言，自然萬物目的因的運作，並不依賴於任何造物者有智慧的設計；這一點構成他與柏拉圖、中世紀神學目的論觀點之差異。
亞理斯多德著名的「四因說」，也是在目的論的思考架構下提出的。亞理斯多德關於「原因」(aitia)的理解，與當代的理解有些不同（當代多半將「原因」理解成使事件發生的「動力」或「動因」）；對他而言，「原因」乃是解釋事物或事件發生的解釋因子，「四因」分別回答了有關一個事物或事件的四個「為什麼」的問題。（1）「質料因」解釋了事物是由什麼構成的，例如「房子是由木材、磚瓦構成的」解釋了房子的材料；（2）「形式因」則給出實現在材質中的形式，這個形式乃是事物的本質，使事物成為它所是的關鍵因素，例如房子的形式因乃是它的設計圖；（3）「動力因」給出了使事物產生出來之運動變化的起源，例如「房子是建築工人蓋出來的」解釋了房子產出的起源；（4）「目的因」則解釋了事物被作出來的「目的」(telos)或者「為了什麼」(hou heneka)，例如房子是為了提供遮蔽被製作出的。
在這四個原因當中，形式與目的因之間特別有意義上的關連，且這一點在人造物與自然物皆然。一個人造物的形式或定義，通常會關連到它被製作出的用途、功能。例如，鐵鎚的形式，就是它能夠釘釘子的能力；鐵鎚就是被設計成能夠去執行「釘釘子」這個功能：假如它無須執行這個功能，它就不必被製作成這個樣子。因此，形式因通常會包含目的因，因為形式必須提及事物可執行的「功能」；這個「功能」解釋了事物為何被製作成如此的樣子。同樣，亞理斯多德也認為，自然有機體的形式，也跟這個有機體的功能、目的相關；生物各種器官的外形，也都是透過它們各自不同的功能來解釋。
由於具備生命的自然有機體的目的是內在的（例如種子的目的乃是樹的形式，樹的形式已經潛在於種子之中），因而在自然有機體之中，動力因、形式因與目的因通常是重疊的（都是事物的「自然」或者「本性」(physis)）。胚胎的形式得自父親，這個形式不僅是胚胎向成人發展的動力因，也關連到胚胎指向的目的─成人的形式：胚胎的形式乃是潛在的成人的形式。這三個原因在自然有機物上的重疊，也解釋了亞理斯多德為何通常只將材質與形式對比。
亞理斯多德的《形上學》主要是檢視作為所有知識學科共同的基礎與預設。它被稱為《形上學》其實是一個歷史的巧合：西元一世紀亞理斯多德著作的編纂者Andronicus不知道如何稱呼置放在《物理學》之後的十四卷手稿，於是將其直接稱之為在《物理學》(Physica)之後(meta)的著作─Metaphysica。亞理斯多德自己偏好使用的名稱是「第一哲學」。由於「第一」容許不同的理解，因此作為第一哲學的形上學，按照這些不同的理解也可區分為四個主要領域。（1）第一哲學研究所有其它學科共同預設的「第一原則」或者「最高原因」（也包含《物理學》探討的「四因」），因此第一哲學首先是一門探討原因、原則的知識學科（《形上學》第一、二書的主題）。（2）任何學科都研究某一特殊種類的存有物，因而以某種關於「存有」或者「存在」的構想為預設，因此，必須要有一門以研究「存有物作為存有物」(on hē(i) on)為主題的普遍存有學，以作為所有學科的基礎（《形上學》第四書的主題）。（3）第一哲學是第一的，並不只是因為它是最普遍的─探討普遍的存有物（存有物作為存有物）及其之間的關係以及存在的根本原則而已；作為第一哲學，它也探討根本的存有物─實體，以及其它次等存有物與根本存有物之間的依賴關係，因此第一哲學也必須展現為實體理論（《形上學》第七至九書的主題）。（4）實體雖為根本存有物，但不是最根本的；最根本的實體乃是「神」（作為宇宙根本原則─不受推動的推動者）；因此，第一哲學也必須是一門處理神聖實體的神學（《形上學》第十二書）。
在這幾種「第一哲學」的構想中，第（2）「普遍存有學」與（3）「實體理論」是最重要的。「普遍存有學」與特殊學科之差別在於，特殊學科都只是研究某種受限的存在模式，或某特殊種類的存有物，例如物理學雖然也研究存有物，但它研究作為變動者的存有物，而數學則是研究作為數學對象的存有物；反之，「普遍存有學」則探討存在最一般的模式，在較抽象的層次上探討「存有物作為存有物」。然而，亞理斯多德「普遍存有學」這樣的構想，其實面臨一個基本困難。按照《後分析篇》的知識構想，一門知識能形成單一的學科，預設這門學科的對象能形成一個「類」(genus)；然而，亞理斯多德多次強調，「存在」是同名異義的，亦即「存在」並不是共相，因此「存有物」不是「類」。換言之，存有物乃是劃分成不同種類的存有物─範疇而存在；作為不同範疇之存有物，並不屬於「存有物」這個類，因為它們之間「存在」的意義是不同的。然而，假使存有物不是類的話，我們如何能建立一門普遍的存有學呢？
為解決這個困難，亞理斯多德提出一個想法：「存有物是以不同方式被述說的，但是都關連到一個(pros hen)或以及指向一個單一本性」(Met. 1003a33-34)。英美學界通常以「核心意義」(focal meaning)或者「核心連結」(focal connection)來指稱這個構想。亞理斯多德經常以「健康」為例來說明這個構想。我們說「蘇格拉底是健康的」、「蘇格拉底的運動養生法是健康的」、「蘇格拉底的面貌是健康的」，甚至「早晨是健康的」。顯然，在這幾句話中，「健康的」意義都不相同；但是，這些不同意義都是以第一句話中的「健康」─蘇格拉底身體的健康，為其核心意義：或者有助於蘇格拉底的健康，或者表徵蘇格拉底的健康，或者是健康的時間。同理，「存有物」彼此之間也呈現出這樣核心意義的連結關係。《範疇論》曾提出，相較於非實體範疇，實體具有存在上的優先性；因此，實體這種優先性必須納入非實體事物的定義之中：屬性根據定義就必定是某種實體的屬性。也就是說，屬性存在的意義，依賴實體的存在。
因此，存有物之間「核心意義」的關係，使得一門普遍存有學是可能的，即便存有物之間並不共享一個類。這門普遍存有學考察存有物最一般的原則與特徵，它考察「存有物作為存有物」，而不是任何特殊事物。由於各個範疇乃是作為存有物的最高種類，因此普遍存有學乃是考察存有物作為實體、數量、性質、關係… 等等存在的意義與特性。當然，存有物之間的「核心意義」使得實體成為核心的研究對象，因此，存有物一般的原則與根據，可以藉由研究作為核心存有物的實體之原則與根據來說明。
存有物一般最必須遵守的一個基本原則，就是矛盾律(Met. IV 3-4)。針對矛盾律，亞理斯多德認為我們不能積極去證明它為真（因為矛盾律已經是最根本原則，我們不可能用更根本的原則來證明它），而只能指出矛盾律不可被反駁來替它辯護。亞理斯多德假想一個矛盾律的反駁者，這個反駁者由於反對矛盾律為真，因此必須堅持矛盾律為假，也就是說，他必須堅持矛盾律「不可能同時既真又假」──某事物「不可能同時既真又假」恰好就是矛盾律的基本內容。因此，在反駁矛盾律的同時，反駁者就肯定了矛盾律。
由於實體是首要類型的存有物，因此，普遍存有學必定是以實體理論為其基礎。亞理斯多德在《範疇論》中已提出了一個實體理論的初步雛形；然而，雖然《範疇論》將首要實體─個體與其它事物區分開，並提出首要實體的諸多特點（例如可獨立自存，在接受其它屬性時仍保持自身），《範疇論》並沒有解釋它為何如此。《形上學》的第七至九書（「實體書」），便是針對到底在首要實體上的哪個因素使得它是如此這般，簡而言之就是探討為何個體是個體這個問題。藉由「形式」與「材質」的概念（這兩個概念在《範疇論》中尚未出現），亞理斯多德將首要實體─經驗個體解析為形式與材料的複合體。因此，《形上學》第七書首先探討了到底是形式、材質還是這兩者的複合體才是具備實體特性的最佳選項。亞理斯多德果斷地指出形式才是作為實體的最佳選項，因為形式才使得一堆材質成為一個單一的個體（Met. VII 16）。例如有機體的生命功能才使得它成為一個單一的有機體，一堆肉跟骨頭組成一單一有生命的有機體，是因為它們具有了人或馬的形式（生命功能）。在《形上學》第七書第十七章，亞理斯多德進一步提出一個論證來說明為何形式才是真正的實體，並解釋形式並不是一般材質性的元素。這個論證的大意是，一個房子在袪除了形式後，材質仍然被保留下來繼續存在（即便用於蓋其它的房子），但原先的房子不再存在；反之，假使我們保留房子的形式，但置換它材質性的元素，房子仍然能保留下來。藉此，亞理斯多德指出形式並非材質性的元素，而是材質以外的某種東西(heteron ti; Met. 1041b19)；形式「並不是元素，而是根據(archē)」(Met. 1041b31)。因此，形式乃是個體成為它所是之個體的根據。由於形式乃是個體存在以及統一性的來源，因此形式才是真正的實體。
在發展形式才是作為實體的最佳選項這個想法時，亞理斯多德也引進了「本質」(to ti en einai)這個概念(Met. VII 4)。本質基本上就是使事物存在、使它是其所是的根據；例如，人的本質就是使得它的材質─肉與骨頭構成為一個人的根據，這當然是他的靈魂。因此，作為本質，形式在《形上學》中被當成是首要實體，因為它被解析為是真正的實體。這當然不是在《範疇論》中的首要實體，因為後者是個體。此外，形式也不是《範疇論》當作次要實體的種類，雖然兩者的希臘文都是eidos。種類在《形上學》中被視為某種共相，或者由抽象的形式與抽象的材質所構成的抽象的複合物；這種抽離個體的處境使種類被剝奪了實體的地位（「任何被稱為共相的東西不可能是實體」(Met. 1038b8-9)）。
在討論變動的脈絡曾經指出，為了解釋個別實體的生成與消逝，亞理斯多德曾經把材質視為實體性變動的主體，例如銅塊接受了雕像型態成為雕像，銅塊並未成為另一個主體，就像蘇格拉底接受白色並未因此成為另一個主體一樣。從材質乃是作為個別實體生成的真實主體這個角度來看，似乎材質才是真正的實體（因為材質似乎更為根本）。然而，亞理斯多德否定這樣的論述。首先，如同前面提出的，材質只是某種潛在：除非它在某個時刻接受了F的形式，否則材質始終都只是潛在的F。此外，材質並不是個體(tode ti)，但實體必須是個體(Met. 1029a27-28)。也就是說，在個別實體的生成過程中，材質也不是始終保持為同樣一個特定的事物，而是不斷被增減、置換；材質反而必須依賴形式才能成為一個特定的事物。再者，亞理斯多德明確指出，材質就其本身而言是不可被認識的(Met. 1036a8-9)，但實體作為本質，必須是可被認識、可被定義的事物。
從亞理斯多德反駁材質作為真正的實體的理由來看，他在檢視什麼是實體時，運用了兩個標準：（1）實體必須是個體(tode ti)，因為真正的實體乃是個別實體保持同一性的根據；（2）實體必須是可被定義的，因為實體是本質。但是，這兩個標準，卻造成一個詮釋上的困難，亦即如何詮釋亞理斯多德最終以「形式」作為實體最佳選項的看法。按照第一個標準，實體乃是個別形式(particular form，例如蘇格拉底的形式─他的靈魂)；但這個解釋的困難之處在於，個別形式仍是個體，但定義不能針對個體。按照第二個標準，實體乃是種類形式(species form，例如人的形式─人的靈魂)；但這個選項又面臨另一個困難，因為種類形式是共相，但亞理斯多德明言，共相不是實體(Met. 1038b8-9)。關於實體到底是個別形式還是種類形式的問題，目前仍是討論亞理斯多德實體理論的關鍵爭議之一。
潛能/實現這組概念會對應到材質與形式，最主要也是因為，亞理斯多德是在思考變動的脈絡中引進這組概念的；從潛能到實現的過渡，基本上就是一個具目的性的過程，在其中形式從材質中被實現出來。潛能與實現因此是材質與形式的存在模式。值得注意的是，「潛能」這個概念並不是邏輯上的模態，它不是「可能性」；反之，「潛能」乃是一個存有論上的範疇，它是「潛在存在」(dynamei on)之意。因為，潛能乃作為在變動中某種尚未存在的東西，而指向某種實現：它以某個「現實存在」(energeia(i) on)為目標。藉「潛能」這個概念，亞理斯多德得以解決巴曼尼德斯(Parmenides)否認變動之難題。「潛能」既不是現實存在的事物，但也不是全然的虛無，它是介在存在與非存在之間的事物，某種「尚未存在」的事物。這種介在存在與虛無之間的地位，使得潛能可以作為變動起點。因此，亞理斯多德將任何變動（特別是生成）都解釋成從潛在存在朝向現實存在的運動。生成變動過程的目的性，也可以從這一點看出：除了“energeia”以外，亞理斯多德也使用“entelecheia”一詞來指稱實現或現實性；“entelecheia”從字根上看就是「具有目的在其中」的意思。
亞理斯多德的「神」，也是在思考變動問題之脈絡下提出的概念。不過，神並不是如柏拉圖的「工匠神」(dēmiourgos)那樣，在世界以外作為宇宙的創造者；反之，亞理斯多德認為宇宙的存在與變動都是永恆的，因此神乃是物理宇宙之存在與變動最終的根據，它是「不受推動的推動者」。在《物理學》第八書亞理斯多德指出，要解釋世界的變動，必須設定一個第一因，作為變動之最終根據。在《形上學》第十二書，這第一因被視為某種神聖、非物質性的實體。這個神聖實體作為第一推動者，本身是不受推動的（不經歷任何變動）；它是作為被愛的對象，藉由吸引萬物而推動萬物之變動。因此，神乃是內在於世界中，作為所有變動最終之目的因。
藉由潛能/實現（現實性）的概念，亞理斯多德將神或者神的活動理解為「思考思想的思想」(hē noēsis noēseōs; Met. 1074b34)。由於這種思想活動不帶有任何材質性的因素，因此它始終維持在純粹的現實性。此外，這種活動既然不牽涉材質，那麼神在這種純粹活動中就沒有任何變動之可能，因而神是不被改變、不受推動的。反之，任何其它類型的活動，都蘊含變動的可能。
亞理斯多德的靈魂理論主要呈現在《論靈魂》(De Anima)一書。由於亞理斯多德承襲古希臘人的看法，認為靈魂乃是生命的原因與原則，因此他的靈魂理論可被視為自然哲學的一部份，特別是作為生物哲學的導論。正因為如此，他的靈魂理論也處理植物的靈魂能力─吸收養分與再生能力。不過，《論靈魂》主要探討知覺與理性等認知能力，以及表象與欲求等和運動相關的能力，因此《論靈魂》的主題也和當代心理學與心靈哲學相去不遠。與《論靈魂》緊密相連的一部著作─《自然學論叢》(Parva Naturalia)則是探討以表象(phantasia)為基礎的種種心靈現象，例如記憶、回憶與夢；此外，《自然學論叢》也著重討論這些心靈現象以及睡眠與甦醒的生理運作基礎。
亞理斯多德的靈魂理論，基本上仍然運用形式/材質這組概念為分析靈魂現象的基礎，亦即以「形質論」(Hylomorphism)來探討靈魂與身體的關係。「形質論」原本是一個形上學的立場；它的基本主張是，除了神（作為純粹的思想）以外，任何存有物都是形式與材質的複合體。形質論立場主要的反駁對象，當然是柏拉圖的理型論：柏拉圖認為，共相或者形式，乃是可以獨立自存的理型；但亞理斯多德認為，只有個體才可以是獨立自存的。因此，按照形質論，只有神作為為純粹形式是可以獨立自存的，任何其它的形式（包括數學形式）都不能獨立自存，而必須在材質上存在。這個觀點應用到靈魂─身體的關係上，就得到靈魂是不能獨立自存的這個結論：靈魂乃是身體的形式，而身體則是以靈魂為形式的材質。以形質論為基礎，亞理斯多德的靈魂理論一方面反對前蘇格拉底時期物質論者將靈魂視為無生命物質元素（例如原子）的主張，另一方面，它也破除了柏拉圖二元論視靈魂為永恆不滅、獨立於身體之實體的看法。反之，亞理斯多德認為，靈魂作為實體，主要是以作為身體之形式這個意義上說的。
亞理斯多德提出的靈魂之基本定義是：「靈魂是具備生命潛能之自然身體的初階現實性」[3](DA 412a27-28)。以潛能/實現這組概念來探討靈魂，使得靈魂不僅被看成形式因，也被當作某種目的因看待。也就是說，靈魂作為身體的形式，也指向著某種目的或功能─生命活動；因此，身體各部分乃是環繞這生命這個目的性而被組織起來的，這個目的性統合了整個有機體。為了凸顯具備生命潛能的身體是具有目的性的，指向著生命的形式與活動，亞理斯多德特意將身體標示為「有機的」(organikon; DA 412b5-6)。「有機的」一詞在希臘文的字根是「工具」(organon)；因此，藉這個詞彙，亞理斯多德試圖指出，身體乃是生物執行某些特有生命活動之工具。
在靈魂理論中，亞理斯多德將原本形上學的潛能/實現概念作了一個更細緻的區分：潛能與實現都各自有初階/二階之分。亞理斯多德以知識的獲取與運用來說明這個區分(DA II 1, 5)。小孩乃是潛在的認知者，小孩具備這個知識的初階潛能，因為小孩所屬的種類─人類，使得他能夠去發展成一個認知者，也就是他天生具備擁有知識的潛能。藉由運作這個初階潛能─學習與訓練，他得到這個潛能的初階現實性，也就是擁有知識的狀態。但這個初階現實性也是一個二階潛能，因為擁有知識的狀態，使得他能夠隨心所欲地運用他的知識，只要沒有阻礙的話；這個運作，就是知識潛能的二階實現。
因此，藉由將靈魂定義成自然身體的初階現實性，亞理斯多德不僅可以將靈魂理解為身體的形式，也可以將它理解為二階的生命潛能，因為它是身體初階生命潛能的初階實現（初階實現＝二階潛能）。但是，由於生命本身展現為不同面向的活動與功能─維生活動、知覺活動、欲求活動、思維活動等，對應到這些活動也存在不同的潛能：吸收養分的維生能力、知覺能力、欲求能力、理性能力等。這些不同的潛能正是分析靈魂以及區分靈魂種類之基礎：植物僅具備吸收養分與再生的靈魂能力；動物則除了這個靈魂能力外，又具備知覺以及欲求能力；人類則比動物更進一級，又具有理性能力。各類生物按照其靈魂從單純到複雜的排列，構成了所謂「存有物之層級」(scala naturae)。值得注意的是，亞理斯多德認為，高階的靈魂能力之運作預設低階的靈魂能力，例如動物的知覺活動預設基本維生能力的運作，人類思想活動也依賴知覺，因為思想不能沒有表象(DA 403a8-9)。亞理斯多德一向反對將人類理性視為能獨立於知覺與身體運作之能力，如柏拉圖所設想的那樣。藉由將靈魂視為各種潛能的匯集，亞理斯多德也解決了如何劃分靈魂的問題：靈魂不是按照空間部位，而是依照不同潛能來劃分。這是一種根據概念、定義的區分，而不是一種物理性的分割。
《論靈魂》第二書以及第三書前半部主要在處理知覺。原則上，亞理斯多德將知覺活動理解為某種性質同化的因果關係。因此，他的知覺理論主要是以三個命題建構起來的：（1）知覺者會類似他的對象(DA 417a18-20; 418a5-6)；（2）潛在是F的知覺者將會成為現實的F，假使他知覺到現實上已經是F的知覺對象(DA 418a3-4)；（3）知覺乃是接受對象的形式而非其材質(DA 424a17-19)。這些命題表達了一種實在論的知覺立場；知覺對象乃是獨立於知覺者存在的，對象現實的性質乃是引發知覺活動的動因。
從命題（1）來看，亞理斯多德的知覺理論常引起一個誤解，彷彿知覺活動乃是一個物理性的性質同化過程。然而，命題（3）阻擋了這樣的誤解。知覺活動的因果關係，恰好對反於創造活動；因此，知覺接受形式而非材質，就如同無材質的房子形式（在房子未完成前）存在於建築師靈魂中的方式一樣。建築師身上當然不會出現任何實際的房子；但房子形式上的主要特徵已出現在建築師心中的設計圖上。同理，當我們看到一紅色事物，眼睛也不會變成紅色，然而，無材質的紅色形式仍然存在於知覺者的靈魂中。中世紀神學哲學家阿奎那(Thomas Aquinas)稱這種存在模式為「精神性的存在」(esse spirituale)。
亞理斯多德將知覺對象區分成三個種類。知覺專屬對象(to idion)，像是顏色或聲音等，乃是直接被某個感官知覺到，也只有這個感官能知覺它。亞理斯多德認為針對專屬對象，知覺是不會出錯的。知覺專屬對象的差異也區分了五種感官：視覺、聽覺、嗅覺、味覺與觸覺。知覺共同對象(to koinon)，像是大小、形狀、數量、變動等，乃是不只被一種感官知覺到的。根據亞理斯多德，共同感覺並不是獨立於五感以外的第六感官，而是五感協作的結果。不過，無論是專屬對象還是共同對象，這兩種知覺對象都是「根據自身」(kath’ hauta)被知覺到，因為這兩者都是直接運作因果作用在知覺者上。反之，第阿雷司的兒子只是「偶然的」(kata symbebekos)的知覺對象，因為這個對象只是間接地被知覺到：我們直接知覺到某個白色的事物，而這個白色事物恰好是第阿雷司的兒子。與專屬對象不同，針對偶然對象，我們的知覺是會出錯的。
亞理斯多德雖然視表象(phantasia)為知覺的延伸，但對他而言表象與知覺並不相同。表象雖以知覺為基礎，但表象並不依賴當下知覺的運作，例如在睡夢中；此外，知覺總是發生在當下，但表象是超越時間限制的：我們可以表象過去的知覺，或預想未來的知覺(DA III 3)。因此，表象可將知覺連接到指向目的的運動。例如獅子看到一隻鹿，在預想吃這隻鹿的表象中它預期到快樂，因而引起它追捕這隻鹿的慾望。因此，在連接知覺與快樂以及慾望中，表象扮演極為關鍵的角色：鹿在獅子眼中不只是一隻鹿而已，而是被它表象為獵物─可滿足慾望的食物。
表象不僅在解釋動物目的性的運動中扮演關鍵角色，表象亦作為人類思想活動的基礎：「對思想靈魂而言，表象就如同感官印象一樣」(DA 431a14-15)。如同感官印象(aisthēmata)乃是知覺的素材一樣，表象(phantasmata)乃是思維活動的素材。因此，「思想能力乃是在思考在表象中的形式」(DA 431b2)。「在表象中的形式」當然不是個別形式，而是普遍形式─共相，因為表象可以獨立於知覺運作。因此，思想與知覺的差異便在於，思想是掌握到共相，但知覺是關連到個物。不過，與柏拉圖的理型不同，共相的存在仍然依賴於具現它的個物，因此亞理斯多德也僅強調共相乃是「以某種方式存在於靈魂本身中」(DA 417b23-24)。「以某種方式」這個說法表明了共相存在方式的限制：共相在靈魂中並不是一種獨立存在，而只是一種精神性的存在（與知覺形式存在靈魂的方式雷同）。
理性(nous)作為思想能力，並沒有對應到任何器官，因為它並不是任何身體結構的初階現實性。因此，與知覺能力不同，理性並不是那麼依賴身體。然而，由於理性依賴表象提供思考對象，而表象是以知覺為基礎，進而也依賴身體，因此，理性仍然間接地依賴身體。
相較於知覺總是被動的，因為知覺對象是外在個體，理性總是能主動隨心所欲地運作思想活動，因為思想對象是內在於靈魂中(DA II 5)。為了解釋思想活動的主動性，亞理斯多德將思維理性作了一個重要區分：主動與被動理性(DA III 5)。亞理斯多德並未明言這兩者如何協作以產生思想，只是指出被動理性將會成為所有事物，也就是作為受動者類似它的對象（與知覺雷同），而主動理性則是創造所有事物，亦即主動提供思想對象。不過，相當惡名昭彰的是，亞理斯多德又認為主動理性可以獨立身體存在，且它是不朽及永恆的(DA 430a22-23)。這個說法似乎與他整體靈魂理論的形質論立場相悖，數百年來也構成他靈魂理論中一個詮釋上的難題。
亞理斯多德的實踐哲學涵蓋倫理學與政治學，兩者是彼此互補的。實踐哲學的對象是處理取決與我們行動與選擇的事物，其原則是可改變的。亞理斯多德的倫理學在當代被視為一種德性倫理學，這種倫理學的重點在於發展某種類型的行為者。因此，亞理斯多德指出，倫理學的研究目的「並不在於知道什麼是德性，而是要成為良善的人」(EN 1103b27-28)。亞理斯多德的倫理學主要包含三本著作：《尼各馬可倫理學》(Ethica Nicomachea)、《歐代米雅倫理學》(Ethica Eudemia)、《大倫理學》(Magna Moralia)。前兩者的名稱反映了當時的傳統：Nicomachus（亞理斯多德的兒子）與Eudemus（迴廊學派的成員）分別編輯了亞理斯多德的倫理學演講；《大倫理學》通常被認定並非亞理斯多德自己的作品，但它是否仍以某個學生筆記為基礎，還是更晚才被學派成員假造出的，學界仍有爭論。
倫理學首先探討的主題是「善」。然而，摒棄柏拉圖「善的理型」，亞理斯多德基本上從一種目的論的架構來思考善，因為他認為倫理學要討論的是人（經由實踐能達到）的善，而超越的「善的理型」基本上跟人類實踐毫不相干。因此，亞理斯多德指出，善不過就是我們人類行動所追求的目標。此外，由於人是理性動物，因此人類追求善的行動最終必然會指向一個最高善，這個人生要追求的最高善，多數人都同意，就是幸福(eudaimonia)。
但是，儘管幸福被眾人一致認為是最高善，但幸福到底是什麼，人們卻沒有一致的看法。為了駁斥那些不正確的幸福觀點，亞理斯多德提出了幸福作為最高善的兩個基本判準：（1）它必須是完善的(teleion)，亦即它必須總是為了自身緣故而被追求，而我們欲求別的是物也是為了它的緣故(EN 1097a26-33)；（2）它必須是自足的(autarkēs)，亦即幸福的存在使人生無所匱乏(EN 1097b6-16)。根據這兩個判準，追求財富的生活顯然不能構成幸福，因為金錢總是達成其它目的的手段而已。榮譽、快樂，甚至德性（像是慷慨或勇敢）雖然本身值得被追求，但它們被追求也是為了別的事物─幸福的緣故。只有幸福本身才是唯一為了自身緣故而被追求的。此外，單靠擁有上述那些選項的事物，也不能使人生無所匱乏。
為了更為明確地解是什麼是幸福，亞理斯多德從分析人的「功能」(ergon)為出發點，也就是探討人類本質性特有的活動。他指出，植物特有的活動在於純粹維生的生命，而動物的特有活動在於由知覺與欲求引導的生命(EN I 7)；由於人類本質上是理性存有物，因此，人類本質性的活動必定是某種根據理性的生活。此外，任何功能或者活動的善，都不只是建立在這個活動上而已，而是在於這個活動以卓越的方式被完成（演奏笛子的善不在於演奏笛子而已，而是在於把笛子吹好）；因此，亞理斯多德將幸福定義為理性靈魂符合卓越性或者德性的活動，亦即「靈魂依據德性的活動」(EN 1098a16-17)。
在討論什麼是德性以前，在此必須指出，希臘文代表德性的詞彙“aretē”，本身沒帶有太多道德上的意涵，它原本的意義比較接近「卓越性」，因此在英文中，“aretē”除了被譯為“virtue”以外，也經常被譯為“excellence”。因此，德性在希臘世界與希臘哲學中，並不專指人類所特有道德意義上的德性，因為其它許多的事物同樣具有德性：馬的德性就是跑得快的能力；刀子的德性就是它善於切割的能力；鞋匠的德性他製鞋的技藝；醫生的德性就是他能創造健康的醫術。簡而言之，一件事物的德性，就是使它能善於執行其功能的特性。
但是，什麼是人作為人的德性呢？跑得快、善於製鞋及會醫病等等，似乎並不是人的德性，因為擁有這些技能，頂多只能使我們成為一個好的運動員，好的鞋匠，好醫生等等，但並不能使我們成為一個好的「人」。但什麼是使得我們成為好的人之特質呢？這與人該執行何種功能有關，因為德性不外乎就是使事物善於執行其功能之特性。《尼各馬可倫理學》第一書第七章已經提出，人類特有之功能乃是理性活動；在第一書第十三章，亞里斯多德則進一步從分析人類靈魂的結構，來探討人所應實踐之特有之目的與功能，並進而分析什麼是「人的德性」。在倫理學的脈絡中，亞里斯多德原則上將人類靈魂分為三個部份：[4]1）吸收養分的能力；）知覺與慾望能力；3）理性能力。第一個部分與德性無關，因為吸收養分的能力無法分享理性，後兩個部份則與德性有關。當慾望聽從理性命令，充分被理性引導，且成為一種習慣，因而我們的實踐行為時時都能合乎理性尺度、帶有理性要素之時，我們就具備了所謂的「倫理德性」（aretē ēthikē），例如節制、勇敢、慷慨、正義等等。另一方面，當我們的理性能力充分發揮其純粹理論性的認知功能，而達到卓越的狀態時，我們便具備了所謂的「理智德性」（aretē dianoētikē），例如智慧、知識、技藝等等。
因此，亞里斯多德對於德性的分析，其實是以人類靈魂之特有要素─理性為論述基礎：由於人是理性動物，因此人類特有之功能或活動，乃是合乎理性或帶有理性之活動。但理性活動有兩類：一是純粹運作理性能力的理論認知活動；另一類則是慾望服從理性命令的倫理實踐生活。而「理智德性」與「倫理德性」則分別是我們賴以良好地展現這兩種活動之特質。對應到這兩種德性，幸福生活也呈現出兩種不同面貌：一種幸福在於實踐倫理德性的生活；另一種則在於純思想、純粹理論的活動(theoria)。《尼各馬可倫理學》自第二書至第九書都是在探討倫理德性以及跟培育它們相關的主題，但第十書則偏好將理論活動以及哲學的生活方式視為最高的人生目標與幸福。
理智德性與倫理德性由於涉及到不同靈魂部分的運作，因此兩者的教養方式也大不相同。由於理智德性僅關連到如何運作純粹的理性能力，因此這種德性的培養主要依賴（理論性的）教導與學習。然而，倫理德性卻不能單純靠理論性的教導便能習得：由於倫理德性涉及如何管理非理性的慾望元素，因此它們乃是經由長期的習慣教養而來。因此，亞理斯多德強調倫理德性並非是天生的。不過，他認為倫理德性亦非違反自然；反之，自然賦予我們接受倫理德性之潛能，而這種潛能之完成與實現則需透過習慣教養(EN II 1)。
亞里斯多德雖將倫理德性視為一種「中道」(to ison)，但中道並不能單純被理解為適度或者節制，因為中道並不純粹是一個數量性的概念。此外，中道也不是絕對客觀的標準，因為亞理斯多德強調在倫理意義上的中道乃是「相對於我們」，也就是取決於行動者本身的狀況、當下的處境等等。不過，亞理斯多德也不認為，道德實踐的標準完全是主觀或相對的；他認為，什麼是德性─相對於我們的中道，乃是根據具備實踐理性之人(phronimos)在選擇時將會運用之理性所決定的(EN 1107a1-2)。因此，對亞理斯多德而言，道德標準似乎是在主觀─客觀，或者相對─絕對的光譜兩極端之間擺盪。
亞理斯多德之所以會反對建立絕對客觀的道德標準，主要的理由在於，有關人類實踐的事物乃是屬於規則可變的領域，因而不適用絕對的標準：「高貴與正義的事物 … 具有許多差異與無常，因此它們似乎是根據約定，而不是出於自然」(EN 1094b14-16)。因此，亞理斯多德強調，倫理學的命題只能夠大致與粗略地被提出來。這種研究方式，恰好與柏拉圖以善的理型作為絕對標準的倫理學形成強烈對比。
上述的兩種幸福觀點，在亞理斯多德倫理學中形成一個不小的緊張關係：幸福到底是實踐倫理德性的生活，抑或是純粹理論的活動？此外，根據亞理斯多德針對幸福提出的兩個基本判準─完善與自足，也形成兩種不同的詮釋觀點：（1）獨佔性觀點(the dominant view)認為幸福乃是最高、最完善的善，其它的善只不過是達成這個最高善的手段而已；（2）包容性觀點(the comprehensive view)則強調幸福乃是一個自足不虞匱乏的狀態，因此幸福應包含所有的善，而不是只由一種善構成。根據這兩種不同觀點，有關純粹理論活動在幸福生活中的定位，也形成兩種不同的詮釋。獨佔論認為純粹理論活動就是人類應追求的最高善，至於其它的善─特別是倫理德性，也只不過是達成純粹思想活動的手段而已；反之包容論則認為，純粹理論活動，與實踐倫理德性的生活一樣，都是幸福生活的要素之一。《尼各馬可倫理學》第十書第六至八章鼓吹獨立於任何實用的純粹思考哲學真理的活動，似乎較支持獨佔論的詮釋；此外，亞理斯多德將人類功能與幸福之間的連結，也暗示似乎純思想活動構成了人類幸福；因為，純思想活動的確是人類理性本性的最高實現。由於理性不只是人性要素，更是我們從神那裡分享來的神性，因此純思想活動乃是人類能達到的最幸福的生活，因為這種活動讓我們更接近神。
然而，獨佔論提出的幸福觀點，也面臨不小的困難。首先難以解釋的是，倫理德性如何能作為達成純粹思想活動的手段？根據亞理斯多德，倫理德性與理智德性的獲取方式與運作條件都不相同：理智德性的獲取乃是經由學習，而不是習慣教養，因此應與倫理德性無關。此外，理性不僅是人性，它更是神性組成要素：假使人跟神一樣只有理性，而沒有身體以及慾望的話，那麼純思想活動當然構成我們所有的善。然而，由於人類並不只是單純具備理性而已(EN 1178b3-7)，人的幸福當然不能僅由純思想活動構成。
[1] 因此，形上學、物理學以及靈魂理論這些原本被當作理論知識的學科，其實不是一般的理論知識，而是「以哲學方式處理的」理論知識；這也是為何這些學科並不能單純藉由歸納─演繹的架構建立。
[2] energeia有時亦可譯為「現實性」，因為energeia不只意謂「活動」（潛能之實現），也意謂著一種「狀態」（潛能之實現狀態）。energeia與另一個詞entelecheia意義相近，亞理斯多德有時會交替使用這兩個詞。
[3]這個定義只是靈魂一般的抽象定義，而不是本質定義；因為，各種生物─植物、動物與人類各自分有不同種類的靈魂，它們各自的靈魂本質是不相同的。
[4] 在此必須指出，亞里斯多德在《尼各馬可倫理學》與在《論靈魂》中對於靈魂的劃分，不盡相同。在《論靈魂》中，亞里斯多德將知覺與慾望區別開，兩者雖緊密關連，但屬不同之靈魂能力；除此之外，在《論靈魂》中，除了知覺與慾望能力外，動物還被賦予了表象能力（但不是所有動物皆具有）。
