4.1「依止執受」(āśraya-upādāna) 證
4.2「最初生起」證
4.3「明了生起」證
4.4「諸法種子」證
4.5「四種業用」證
4.6「種種身受」證
4.7「二無心定」證
4.8「命終時識」證
5.1 異熟果報的總體＝苦諦＝果相
5.2 一切種子識＝集諦＝因相
5.3 生命的統一體＝苦諦＋集諦＝自相
5.4 具有生物學上執受肉體的功能
5.5 連結禪定前後之識的功能
5.6 恆時知覺外器世間與根身的功能
6.1 阿賴耶識．自相／一切種子識．因相．集諦／異熟果報識．果相．苦諦
6.2 心．阿賴耶識（對應於「意．染污意／識．前六識」）
6.3 阿賴耶識：我愛執藏現行位／異熟果報識：善惡業果位／阿陀那識．心．所知依．一切種子識：相續執持位／無垢識：如來地
7. 從「分別自性緣起」和「分別愛非愛緣起」看賴耶緣起觀的特色
阿賴耶識係梵文 ālaya-vijñāna 的音譯，就如喜馬拉雅山 (himālaya) 意即「雪 (hima) 之庫藏 (ālaya)」，ālaya-vijñāna 的意義，可以先簡單地了解為「庫藏之識」，簡稱「藏識」。然（若細究其語義，ālaya = ā + √ lī + a，由接頭詞 ā- (on, in) 和語根 √ lī (lie, cling, stick, hide)，再加上將動詞做成名詞的接尾詞 -a 所構成，其意義就變成有 lying on, sticking in, hiding in, clinging on 等義，再從梵文造語特性來說，可以同時解為主動與被動的兩面，印順 (1944) 曾就其對唯識學整體的了解，大膽解釋「阿賴耶」的詞義，應該有「能攝藏／所攝藏」、「能隱藏／所隱藏」、「能執藏／所執藏」等義，三組各自的要義在於「依」、「潛」、「係著」。[1]這雖然不符合中國法相宗的基本立場，但卻是掌握阿賴耶識語義與了解現代相關研究，相當不錯的一個起點。橫山紘一 (1979：116-121) 也曾分析 ālaya，得出有「執著」、「潛藏、收藏」兩類的意義，展開來也可以是「執藏、「隱藏」、「攝藏」的三義，從能所兩面來看，除「所隱藏」義不明顯外，做「所執藏」、「所攝藏」也沒有問題。
與阿賴耶識相關，在語義說明時常有密切關連的是阿陀那識。其梵語為 ādāna-vijñāna，其中 ādāna = ā + √dā + ana，語根 √dā (give) 加上表示動作反向的接頭詞 ā-，再加上將動詞做成名詞的接尾詞 -ana，意思就變成 taking。經論中說明阿陀那的語義時，常用 upādāna 來解釋，只是多了一個表示 near 的接頭詞 upa- 而已。而 upādāna 最直接的意義是「取為己有」，帶有精神上的執著義，如十二因緣當中的「取」，也被當作煩惱的異名，又如「五取蘊」的「取」也是指煩惱，「取蘊」指作為我們身心構成要素的色、受、想、行、識是能生起煩惱，或者是由煩惱所生起的。
為清楚了解阿賴耶識相關的論述，有必要先掌握中國法相宗對阿賴耶識和阿陀那識語義的說明。法相宗最重要的論典《成唯識論》中說：「與雜染法互相攝藏，亦為有情執藏為我，故說此識名阿賴耶。……以能執持諸法種子，及能執受色根依處，亦能執取〔自體以〕結生相續，故說此識名阿陀那。」(CBETA, T31, no. 1585, p. 14, b26-c8) 在此阿賴耶識的語義有「能攝藏」、「所攝藏」和「所執藏」三義，亦即阿賴耶識作為過去一切雜染諸法的果是為所攝藏，作為未來一切雜染諸法的因是為能攝藏，而作為被有情所執著為我的對象是為所執藏。至於阿陀那的語義，則有「執持種子」、「執受根身」、「執取自體」三義，也就是阿陀那識可以執持亦即儲存種子令不失壞，執受亦即統整身體的運作令其成為有苦樂的感受者，還有在結生相續亦即輪迴轉生時，可以執取亦即掌握新的自體的存在，令其展開新的一期生死。而在此「執持」、「執受」、「執取」看似有別，其實不外是同一梵語 upādāna 的不同翻譯而已。雖然執持種子、執受根身、執取自體三者的界限，縱使在《成唯識論》中都不見得有嚴格遵守，但為方便說明與分析，以下暫且依此用法來區分 upādāna 的三種機能。
值得注意的是，法相宗認為阿賴耶識即是阿陀那識，並嚴格主張有八個識存在，也就是除了阿賴耶識外，還有一個潛在的染污意亦即末那識 (manas) 存在，而此末那識即是有情內在深沉的自我執著，恆時執著阿賴耶識為我。所以阿賴耶可以有「所執藏」，但卻不會有「能執藏」的意義；而阿陀那雖然有「執取自體」義，看似在結生相續時，將新的生命體執著為我，且「取」很容易與唯識學所說通常帶有負面義的能取、所取聯想在一起，但是此「執取自體」也只是被當作生理上掌握到新的自體的存在，而沒有精神上的執著義。也就是說法相宗極力主張阿陀那識就是第八阿賴耶識的異名，所以 ālaya 有能儲藏、被儲藏以及被執著附藏為我義，而沒有主動執藏義；ādāna 或 upādāna 在執持種子、執受根身、執取自體時，都只是維持、統整、掌握義，而沒有精神上的自我執著義。法相宗站在此立場，批評攝論宗的真諦 (Paramārtha, 499-469) 將阿陀那識視為第七末那識的異名[2]是一種錯誤的看法。
當我們重視《解深密經．心意識相品》「此〔一切種子心〕識亦名阿陀那識，……由此識於身隨逐、執持故；亦名阿賴耶識，……由此識於身攝受、藏隱、同安危義故。」(CBETA, T16, no. 676, p. 692, 17) 以及「阿陀那識為依止、為建立故，六識身轉」(p. 692, b19)、「阿陀那識甚深細，一切種子如瀑流，我於凡愚不開演，恐彼分別執為我」(CBETA, T16, no. 676, p. 692, b15-c23)，就不得不承認如印順 (1941：41-42) 所言，在初期唯識的《解深密經》中，阿陀那識佔有特別重要的地位，它能夠執持種子、執取自體，而阿賴耶識則是與根身同安危亦即執受根身，但是到了《攝大乘論》，攝藏或執持種子的責任反而屬於阿賴耶識，而阿陀那識的作用變成是執受根身、執取自體。由此我們可以看出法相宗說阿陀那識也有執持種子義，確實有經說的依據，它和阿賴耶識的角色常有重疊，兩者也有角色交換情況，在研究兩者的關係時，是值得注意的。但是法相宗堅持阿賴耶識、阿陀那識沒有精神意義上能執著之作用的論點，卻受到現代學者的挑戰，如印順 (1941：142-144)、勝呂 (2009：10-11) 等人即認為阿賴耶在唯識之前的經論以及在唯識的經論中原本就有「執著」義。Schmithausen (1987：2-8) 和勝呂 (2009：16-17) 則認為阿賴耶還可有單純的「隱藏」義。
《大乘莊嚴經論．述求品》梵文第 36 偈[3]，將佛陀的說法歸納為「所相」(lakṣya)、「能相」(lakṣaṇa) 和「表相」(lakṣaṇā) 三者。其中「所相」即是被賦與特徵者，指的是包含一切存在的心法、心所有法、色法、心不相應行法以及無為法，亦即所謂的五位百法；其他經論有時以相、名、分別、真如、正智等五事來加以分類，而說到其具體的生起方式，則用識的顯現或轉變來做說明。「能相」即是特徵，指作為所知相的三相，亦即修行實踐所應該知道的三種相貌，亦稱為三性，包括由名言概念所投射出來的語言世界的相貌（遍計所執性），以及在名言概念生起之前，由因緣和合所產生的現象世界的相貌（依他起性），最後是去除掉語言觀念執著的真理世界的相貌（圓成實性）。「表相」乃是能賦與特徵者，即是能持（ādhāra，聽聞人無我、法無我的佛說，深入思惟）、所持（ādhāna，如理作意修習禪定）、鏡像（ādarśa，心如鏡子一般能如實映照真實，知主觀與客觀二元的不真實）、明悟（āloka，心已能明見，有如實知為有，無如實知為無）、轉依（āśraya，使存在的所依處有究竟的轉化）的五種瑜伽行的過程。整個唯識瑜伽行的關懷，即是要在瑜伽行的禪觀中，能夠觀照一切存在所可能具有的三種相貌，也就是證悟「一切法唯識」。此所相、能相、表相三者，在《解深密經》分別由〈心意識相品〉、〈一切法相品〉和〈無自性相品〉、〈分別瑜伽品〉表現出來，在《攝大乘論》是所知依的阿賴耶識、所知相的三性、入所知相的唯識觀，在《成唯識論》則是識轉變、三性、唯識觀。
作為所知相的三性的提出，乃是為了解開《般若經》「一切諸法皆無自性」亦即「一切法空」的甚深密意。也就是說，我們所應該知道的三種相貌同時表現出「無自性」的不同面向，眾生只要能體會這三種無自性，即可循序漸進了解「一切法空」的意義。因此，三性與三無性乃是唯識學派對於般若空義的開顯。
阿賴耶識被稱為是「所知依」，因為眾生無始時來受心識認知結構與語言概念使用的影響，這些影響力隱藏於阿賴耶識中。當這些影響力現起時，雖然是因緣和合而起、無法離開我們的心而獨立存在的現象世界，卻因心識的虛妄性與語言概念的影響，會投射出語言觀念的產物，將不是真實存在的主觀（實我）和客觀（實法）認定為真實存在，唯有去除掉這些語言觀念所產生的虛妄性，真理世界才能夠呈顯出來，因此阿賴耶識是三種所知相的所依處。唯識學派認為要在眼、耳、鼻、舌、身、意六識之外，更進一步了解有潛在的阿賴耶識，才能說明現象世界的產生，解開心、意、識的甚深密意。因此，阿賴耶識說是唯識對佛教緣起義的進一步解釋。
觀一切法唯識的禪觀，是先觀只有能緣起的識，而沒有作為能取與所取的所緣境，進一步再觀既然沒有所緣的境，那能緣的識也不存在，以達到能緣所緣平等平等的境界，即是證得一切法唯識性。也就是在依他的緣起諸法當中，能夠看透作為語言觀念執著的產物亦即作為遍計所執性的實我、實法的不真實，如此即可證得一切法本來的無我性。
有關阿賴耶識最初成立要因的研究，最有名且最全面的當屬 Schimithausen 在其 1987 年的鉅著 Ālayavijñāna: On the Origin and the Early Development of a Central Concept of Yogacara Philosophy。此書先建立找尋阿賴耶識被提出的原初段落的兩個判準：(1) 必須在體系教義方面或解釋上，很清楚顯示出引進一個新的識，已經無法避免；或者對於這種新的識的直接心理或神秘體驗，必須有確鑿的證據。(2) 此一新的識的特殊性質或功能，必須使其選用「阿賴耶識」一詞看起來完全合理 (1.7[4])。對於最初期唯識經典的先後順序，他基本上和勝呂信靜同樣採取「《瑜伽論．本地分》→《解深密經》→《瑜伽論．攝抉擇分》」的主張，依此他認為〈本地分〉「三摩呬多地」有關滅盡定的一段很簡短的說明，是符合兩個判準的原初段落 (2.1)：
問：滅盡定中，諸心、心法（即心所有法）並皆滅盡，云何說識不離於身？
答：由不變壞諸色根中，有能執持轉識種子阿賴耶識不滅盡故，後時彼法從此得生。(CBETA, T30, no. 1579, p. 340, c27-p. 341, a1)
這裡的問題是說，在沒有「身行亦即入出息」、「語行亦即尋、伺」、「意行亦即受（苦、樂、不苦不樂的感受）、想（概念的思惟）」的禪定狀態中，已經沒有六識以及六識相應的心所，為何佛陀在經典中還說「識不離身」？對此回答說，雖然已經沒有六識，但是還有未變壞的有色根身亦即肉體的存在，而且在肉體當中有阿賴耶識尚未滅盡，它能夠執持六識的種子令不失壞，在出定後，六識再由其在阿賴耶識中的種子生起。
滅盡定有心無心的問題，在部派佛教中受到熱烈的討論。說一切有部主張「滅定無心」，至於此無心的狀態如何與死亡有別，是因為有一個與心不相應的命根存在，以令此報體存續；經量部亦主張「滅定無心」，但有種子存於肉體中，出定後再由種子起現行，產生六識。但若經量部不承認實存的命根，又不將種子完全等同於識，則不能滿足《阿含經》中說肉體存續的基本要素為壽（壽量）、煖（體溫）、識（精神）三者的聖言量[5]。因此，為要說明從六識已經完全消失的滅盡定狀態離開後，六識又如何能夠生起，非得把執持此種子者說成是識不可，而且此識是「在肉體中」，因此將其視為「附著 (sticking) 於肉體上」或「藏 (being hidden) 在肉體中」的識，在此意義下，稱其為「阿賴耶識」是很恰當的。 (2.5-2.7) 而且 Schmithausen 從《解深密經．心意識相品》找到阿賴耶識語義解釋為「附著」、「藏」的根據，依玄奘漢譯分別為「由此識於身，攝受、藏隱、同安危義故。」(CBETA, T16, no. 676, p. 692, b16-17) (2.8) 他強調在原初段落中阿賴耶識，既沒有生理上的執受義，也沒有精神上的執著義，只是「在滅盡定期間隱藏於肉體中的識」。
雖然 Schmithausen 也注意到此原初段落中的阿賴耶識具「執持轉識種子」的功能，而且《解深密經．心意識相品》在解釋阿賴耶識的語義時，也是在一切種子心識亦名為阿賴耶識的脈絡下進行的，也就是說，阿賴耶識與一切種子心識有密切的關係，但是他嚴守兩個基本判準，而不承認一切種子識是阿賴耶識的真正起點。這當然也可從一切種子心識與阿賴耶識並行，或者「具有一切種子的」 (sarvabījaka) 常作為阿賴耶識的修飾語，證明兩者的合流，是在阿賴耶識因其他理由確立之後才如此的。
或許我們可以說，瑜伽行派接受經量部的種子說，但卻反對其色心互熏亦即色心彼此互相執持對方之種子的觀念。因為在滅盡定中只承認有色諸根存在，並說其執持心、心所法的種子，並不能滿足生命體須具備壽、煖、識三者的經說。於是瑜伽行派認為在滅盡定中，有一種識藏在肉體中，而且這正好可以當作執持轉識種子的識。在這樣的意義下，阿賴耶識首先是藏在肉體中的識，然後才是執持種子的識。
Schmithausen 在第一個判準中說「必須在體系教義方面或解釋上，很清楚顯示出引進一個新的識，已經無法避免」，這顯示阿賴耶識的提出完全是因為「理論的需要」，與宇井伯壽[6]的主張相符。但在後半中說「或者對於這種新的識的直接心理或神秘體驗，必須有確鑿的證據」，似乎認為阿賴耶識的提出與瑜伽行者在禪觀當中的直觀體驗有密切關係，但是 Shmithausen 卻也明言阿賴耶識被導入，是為了解決與滅盡定有關的理論問題，而不是與瑜伽的直接體驗有關，確立了阿賴耶識的提出完全是因應理論需要的立場。
相對於 Schmithausen 的看法，橫山紘一、袴谷憲昭、山部能宜則非常強調瑜伽行派與禪觀的密切關係，主張阿賴耶識雖然看似與經典教義的圓滿解釋以及唯識的相關理論建構有相當密切的關係，但其最初的被發現必定與瑜伽師的禪觀修行有密切的關係，也就是說阿賴耶識不純然只是因為理論的需要才被提出來，而是在實際的修行體驗中強烈地感受到它的存在，而後才被理論化的。[7]而且阿賴耶識最早出現的文獻是否即是《瑜伽師地論》本地分的「三摩哂多地」中與滅盡定有關的段落，也有學者提出疑問。[8]
有關阿賴耶識存在的論證，最具歸納性且最簡潔的當屬《成唯識論》的「五教證、十理證」，而在理證上論述最為精詳的應該是《攝大乘論》，完整地說明若無阿賴耶識則雜染法（包含煩惱雜染、業雜染、生雜染）和清淨法（包含了世間清淨、出世間清淨）都沒有辦法成立。但是最早提出有關阿賴耶識存在論證的，則是《瑜伽師地論．攝抉擇分》的八種論證[9]，由於其成立最早，由此可以窺知有關其成立的相關思考，所以在此說明如下。
此處所說的「依止」又譯作「所依」，如眼根即是眼識生起的所依。如前所述，佛教認為一個生命體當中必然有壽（壽量）、煖（體溫）、識（精神）在維持這個生命體的運作，所以有眼、耳、鼻、舌、身五根的存在，就必然有一個精神作用在維持亦即執受這些所依。唯識學派認為若沒有阿賴耶識，那麼「執受所依」的作用就無法成立，也就無法說明生命體的基本運作，因為眼等六種轉識（亦即活動的識）無法擔負「執受所依」的重任。其原因有以下五項。
第一、眼等六轉識還是要以現世諸緣為因才能生起，亦即要有根、境、作意等的和合才能生起，而阿賴耶識則是以前世業力為緣，可以具有相對的獨立性。第二、眼等六轉識現起時不是只有非善非惡的無記性，有時候會與善心所相應生起而具有善性，或者與惡心所相應而成為惡性，但是阿賴耶識則純然是無記性。第三、眼等六轉識不是由善惡業報所生起的無覆無記的異熟果[10]，只有阿賴耶識才是真正的異熟果。第四、眼識以眼根乃至於意識以意根為所依才能產生作用，不同的識各別有其各別不同的所依，所以這時候或許可以說眼識可以執受眼根這樣的所依，但是卻無法執受其他耳等諸根，因為它們與眼識是相離的。第五、眼等六轉識有時候生起，有時候不生起。
所以唯有以前世業因為動力，屬於無覆無記異熟果，而且能在一期生死當中持續執受所依根身的，就只有阿賴耶識。
小乘佛教如說一切有部主張「識不俱生」，一個剎那只能有一個識生起，所以若主張在六識之外有一恆時存在的阿賴耶識，那就會違反「識不俱生」的原則，唯識學派必然要正面去回應此問題。唯識學派反問若一個剎那只能有一個識生起，那麼當我們對同一個境界想要生起見、聞、覺、知的心時，此時所緣境、所依根以及作意（注意力）完全沒有什麼差別，那麼到底會是六識當中的哪一個識最初先能呢？由此可見只有根、境、作意等緣具足，是可以同時有兩個以上的識生起的。所以主張有阿賴耶識的存在，可以和眼等六識俱起，也是合理的。此不能算是對阿賴耶識存在的積極論證，只能說是藉由「諸識俱生」的論證，說明阿賴耶識存在的合理性而已。
此一論證的邏輯同於前一項「最初生起」證，主要也是證明「諸識俱生」。此處討論的是「五俱意識」是否存在的問題，也就是意識是否能與前五識同時俱起。說一切有部等主張「識不俱生」者認為，眼識在現在這一剎那看見紅色的花，下一剎那才會有意識現起，認識到「這是一朵紅色的花」。但是唯識學派認為，若意識是在下一剎那才了別到此紅色的花，這就和回憶一樣是模糊而不是明了（清楚明晰）的，但是意識對眼識的所緣境的了別應該是清楚明晰的，所以必然有所謂的五俱意識的存在。
有人認為六識彼此之間互為種子，前一剎那的識成為下一剎那的識生起的種子，唯識學派認為這並不合理。因為前後剎那的識甚至在質上有很大的差異，如善對不善、上界（色界、無色界）對下界（欲界）、有漏對無漏，如此就會變成由善心生起不善心，由上界心生起下界心，由有漏心生起無漏心。而且六識在五無心位的時候會間斷，就不再能維持種子的不失。唯有含藏一切善惡、三界、有漏無漏種子的阿賴耶識，才能夠圓滿說明諸法的生起。
此論證也是與「諸識俱生」有關。也就是說，因為有對器世間（環境）的了別、對所依根身的了別、對我的了別以及對對象的了別等四種業用，而這些了別是在每一瞬間同時作用的，所以一定是諸識俱生。若以八識來說，阿賴耶識有對器世間、根身的了別，第七末那識是對我的了別，前六識則是對對象的了別。由此也可證明必然有阿賴耶識的存在。
從不管是如理思惟或不如理思惟，有尋伺或者是沒有尋伺，入定或者是未入定，身體會有各種苦、樂、不苦不樂感受的產生，這是因為有阿賴耶識在執受著身體，使其有各種不同的感受。以入六識不起的無想定來說，若無阿賴耶識，如何可說此時還有所謂的不苦不樂的捨受。
世尊曾說「識不離身」，也就是在有情的生命體當中必然有識在其中維持其存在。若在無想定、滅盡定此二無心定當中，六識都不生起，那麼必然要有更微細、潛在的識存在，那就是阿賴耶識。
從臨命終身體或由上而下或由下而上漸漸變冷的現象，可以證明必然是有一個在維持身體的識存在，由於它往下或往上離去而使得身體如此變冷並失去了覺受的能力。因為此時六識已經不再活動，可見有阿賴耶識的存在。
Schmithausen 在找出阿賴耶識最初成立的要因後，接著抽絲剝繭地說明阿賴耶識的機能如何擴大以及如何與其他相關概念結合的過程。雖然我們不見得要完全同意他的所有主張，不過他所做的工作是到目前為止最為宏闊大度的嘗試，了解其內容，同時可以掌握與阿賴耶識相關的概念。有關其過程，山部能宜 (2012：194-196) 有極為簡潔的歸納，相當有助於我們理解，茲將其翻譯置於「補充」當中供做參考。
另外有關阿賴耶識成立後可以解決的問題，Schmithausen 曾將其分成「系統性脈絡」(systematical contexts) 與「解釋性脈絡」(exegetical contexts) 的問題，這部分的歸納分析，倒是比較沒有爭議，值得參考。「系統性脈絡」的問題乃為求自身系統的完整性、周延性，必須提出阿賴耶識來彌補某些缺失，例如，佛教主張「無我」，反對有常一、自在、不變的「我」(ātman)，但又主張善惡業報自作自受，此一「人格的連續性」(continuity of personality) 如何說明，於是就有了阿賴耶識的提出。「解釋性脈絡」的問題，則是為了合理說明《阿含經》等佛說經典的意義，不得不提出一有異於前六識者，例如《阿含經》中說到「識食」，顯然必須有一潛在的識在一期生死中持續作用，以維持我們肉體的正常運作。
Schmithausen 共歸納 14 種系統性脈絡與 6 種解釋性脈絡[11]，依此可將阿賴耶識的功能歸納分析如下（陳一標 2000：96-100）：
阿賴耶識又名一切種子果報識，其實即以此包含了雜染諸法的兩面——苦諦與集諦。[12]苦諦是過去煩惱（知性、情感、意志上的惑亂與擾動）、業（行為與行為的影響力）的果，故稱為果報，係指現在身心生存的全體。我們現在生存在六道輪迴當中的哪一道，是過去的業所結的苦果，從這方面看來，阿賴耶識的成立乃為說明凡夫現實的狀態，與雜染諸法有較為密切的關係。[13]
此果報的總體又稱為異熟 (vipāka)，亦即是「因有善惡，果唯無記」的異熟，表示過去的業因雖有善惡，然過去已然謝滅，業果不再以善惡的形態表現於現在的生存中，故說其為無記，亦即受報的報體無善惡可言。另外從此雖無善惡卻是一種苦，亦稱之為行苦，指本質上畢竟不圓滿具苦迫性的不安穩狀態。既有行苦的特質，後來就被界定為不苦不樂的捨受。雖非具有明顯的苦受，但因煩惱、業的繫縛，不得自在，無有堪能証得清淨涅槃，故說為粗重 (dauṣṭhulya)，轉換此使身心粗動的基礎，才能達到身心的輕安。
如前項所述，賴耶為集諦，故名種子。集諦是苦諦產生的因，然而集諦並非在苦諦之外，而是一體的兩面，現實不圓滿的生存狀態（苦諦）同時是下一個不圓滿狀態產生的原因（集諦）。瑜伽行派不只從表面的惑業苦流轉來說明代表生死輪迴的苦集二諦，更深入到生命的底層，以異熟果和一切種子兩個概念，徹底剖析生命中的無明與盲動。過去的煩惱、業因所形成的一期生死的決定性狀態，是為果報；而過去的煩惱、業因雖已滅去，卻仍留有影響力，等待新的因緣，以發揮其作用，這些影響餘勢，即稱為種子。未來一切雜染法（生、業、煩惱三雜染）皆依此而生。
果報和種子是當前現實生命存在的兩個面向，一回溯過去，一朝向未來，使得主張過未無體，唯現在一剎那存在的瑜伽行派，不致落入只有孤零零的當下一刻。此現實存在，由於過去的影響，在未來有許許多多的可能，這些可能性就是含藏在當下此一果報的總體中，所以此又稱為一切種子識，亦即具有一切可能（種子）者，如此，則種子就是識，識就是種子，阿賴耶識就是一切種子的總和。但若偏重部份與全體的差異，並將種子具象化，就有種識不一，有一如倉庫般的阿賴耶識執持一切種子的說法；也有將異熟果報識視為現行賴耶，而將此現行賴耶所執持的一切種子者視為種子賴耶，因而產生兩種賴耶的說法。
《攝大乘論》〈所知依〉中曾詳細說明阿賴耶識的性格，安立阿賴耶識之三相：
此中安立阿賴耶識自相者，謂依一切雜染品法所有熏習為彼生因，由能攝持種子相應。此中安立阿賴耶識因相者，謂即如是一切種子阿賴耶識，於一切時與彼雜染品類諸法現前為因，此中安立阿賴耶識果相者，謂即依彼雜染品法無始時來所有熏習，阿賴耶識相續而生。（大正三一．134bc）
阿賴耶識的因相即是一切種子識，恆時為一切雜染法生起的主因，即前述之集諦，從動態的方面來描述，則為種子生現行。阿賴耶識的果相，即依於無始以來所有雜染品法的熏習，而有作為果報體的阿賴耶識相續生起，此為苦諦，從動態方面來看，屬現行熏種子，或說現行熏習感得果報體的歷程。兩者皆屬生死流轉的雜染諸法的重要面向，但要掌握生死流轉的樞紐，精闢地解釋雜染諸法所依的阿賴耶識，則非兼顧此因果二面不可，因此，《攝大乘論》立一自相，說阿賴耶識是依於雜染法的熏習，並且是這些雜染法的生因，因為它能與表層的轉識俱生俱滅，熏得的種子在阿賴耶識中混然一味，且被保持不致於失壞。
能受轉識熏習，又能生起諸轉識，這就是阿賴耶識的全貌，具有承先啟後的功能，不是住於剎那的現在之斷滅實存，而是整個生命的統一體。由此可以作為輪迴流轉的主體，也是世間道德的主體。它是苦集二諦的總和，轉此即可成就滅諦。而邁向解脫的過程，不外就是經由意言分別，聞思修以熏得與阿賴耶識性質不同的無漏種子，藉此以對治有漏種子。因此煩惱的滅除，涅槃的完成，皆須依此阿賴耶識才能說明。同樣地，業因與業果之間的連結，有待此受熏且能生的本識之提出，才能圓滿說明。
其次，此連續且同一的生命主體，潛藏在生命的底層，由於其作用的方式一類相續，很容易被誤認為是常恆不變的「我」，所以它也是世間邪執實我或聖教安立假名我，背後客觀的所依。
執受在阿毘達磨時代，原指心識執持根身，令不失壞，且由此而有苦、樂等感受，故用在法相分析上，有執受、無執受即表示有感覺、無感覺之義。瑜伽行派進一步深入分析身體機能的運作，發現到六識不起的無心位，肉體亦不致因而腐壞，或許再加上禪定方面的體証，終獲必另有與前六識不同的識在執受肉體的結論，而提出阿賴耶識執受肉體說。原本阿毘達磨時代是將心識看作一個整體，由此執受肉體，但瑜伽行派則將此功能獨歸賴耶，其他識就無此功能。執受包含結生相續時，攝取父精母血的和合體羯邏藍，以及在一期生命中恆時執受名色自體。在《瑜伽師地論》等較為早期的經論中，阿賴耶識常常與「一切種子」、「異熟所攝」、「執受所依」三個修飾語連在一起，可見此執受肉體的功能在阿賴耶識成立的初期即出現，《瑜伽師地論》「攝抉擇分」有關阿賴耶識的八種論證，此一功能也扮演相當重要的角色。
為使無心定前後的識之間，能有連續，不致斷滅，就必須有一異於前六識的潛在識，來作中間的橋樑，當然它可以只是在六識不起時，出現來以補足識的空缺，而非一定要在一期生命中恆時相續。當然若由執持種子或執受肉體等原因，而成立相續不斷的潛在識，當然亦可扮演連結禪定前後的識之角色。但光從禪定的問題出發，則未必一定要一恆時相續的識，故別列之。
此為認識論的問題，由於知覺一事物時，似乎總是在一整體的脈絡下知覺，因此必須設定有一總取外器世間的潛在識，作為此種認識的基礎。
隨著阿賴耶識機能的擴大，其同義詞也就跟著增加，從唯識經論中所見，有阿陀那識、心、所知依、一切種子識、異熟果報識、無垢識等。以下試依其關係，試著分組說明，或許更能掌握這些概念的特色。
6.1 阿賴耶識．自相／一切種子識．因相．集諦／異熟果報識．果相．苦諦
阿賴耶識攝持、含藏作為一切存在之因的種子，能為因以生起諸法，所以說它是「一切種子識」（擁有一切種子的識），我們之所以會生起煩惱（知性、情感、意志上的惑亂與擾動），生起思心所（行為的動機）而造作善惡業（行為與行為的影響力），都是因為在阿賴耶識中有煩惱與思心所的種子，所以可以說這是屬於說明苦生起之原因的集諦一面，也是阿賴耶識的因相。
佛教主張善有樂報、惡有苦報，並將業因與業果之間的連結定位為「因有善惡，果唯無記」，也就是說作為業果的苦樂感受，就道德上來說是沒有善惡可言的，這就是業的因果關係的特色，不同於同類引生同類的等流因果關係。而就業報來說，在有情身心上所生起的苦樂感受固然重要，但更重要的是在生死輪迴時往生到哪一道，這才是真正的、整體的異熟果報。生為人即是得到人這樣的異熟果報，縱使修定讓自己進入到初禪天、二禪等的境界，從定出來後還是屬於欲界的有情，要轉換到另外一道，只有等待到這一期生死的結束。唯識學派認為有一個異熟果報體決定著有情一期生命的存在樣態，這就是阿賴耶識，所以它又被稱為異熟果報識。由於它相當微細，所以說它相應的是不苦不樂的捨受。對應於一切種子識為集諦所攝，此異熟果報識則為描繪身心苦迫現狀的苦諦所攝，也是阿賴耶識的果相的一面。
由於阿賴耶識能夠攝持種子，亦即受一切法的熏習或影響，並且能生起一切諸法，即是能統合因相與果相的自相，此如前所述。
自原始佛教起，有關心 (citta)、意 (manas)、識 (vijñāna) 三者是什麼關係，就有許多用法與討論，一般認為三者是同義異語，如說識特別指現在，意指過去，心指未來。印順曾歸納說 (1949：105-113)，識乃是對所接觸到的內外境界的認識，它是從作為身心交感的中樞、認識作用的泉源的意根（亦即此處所說的「意」）而來，而識所認識的種種境界的印象積集滋長，成為精神界的統一，即是心的特殊含意，依於此心而生起貪、瞋、痴等種種心所有法，也是以心為統一性。就其使用來說，「識多對境界說，意多對根身說，心多對心所說」。
唯識學派在說明「唯識」(vijñpti-mātra) 的經證時，曾舉《華嚴經．十地》的「三界唯心 (citta-mātra) 來做證明，並說心 (citta)、意 (manas)、識 (vijñāna)、了（vijñapti，有時也譯作「識」）四者只是名之差別（梵文《唯識二十論》）。而《成唯識論》依八識體系做說明時，若依「通名釋」，八識皆可名為心或意或識，如第八識稱為「阿賴耶識」，第七識稱為「末那識」。但若依「別名釋」，則阿賴耶識「集起」未來諸法的作用較強，所以稱為「心」；末那識「恆審思量」意義較強，所以稱為「意」；前六識則是有較為粗顯的「了別」義，所以稱為「識」。
6.3 阿賴耶識：我愛執藏現行位／異熟果報識：善惡業果位／阿陀那識．心．所知依．一切種子識：相續執持位／無垢識：如來地
有時名稱會因修行階位不同而改變，依法相宗所說，阿賴耶識所具備的「能藏．所藏．執藏」三義中，被第七末那識執著為我的「執藏」義是「阿賴耶」一名的核心意義，所以走解脫道的小乘人證得阿羅漢，或者走菩薩道的大乘行者證入到第八地時，就完全去除我執，第八識就再也不會被執著為我，失去其「執藏」義，因此就不再適合稱為「阿賴耶識」，而將此尚有我執的階段也就是凡夫、二乘有學、菩薩一到七地，稱為「我愛執藏現行位」。而到小乘人證入阿羅漢或者大乘菩薩最後金剛心，都還有善惡業所產生的異熟果報識，所以稱為「善惡業果位」。而不管是凡夫、阿羅漢或者是佛，都要有執持種子或根身令不失壞的阿陀那識存在，也就是所有的階段都可以稱為「相續執持位」，而此時的潛在識也可名之為心、所知依、一切種子識。至於「無垢識」一名，只有在如來位可用，因為這是最極清淨的無漏所依止的地方。[14]
7. 從「分別自性緣起」和「分別愛非愛緣起」看賴耶緣起觀的特色
若說三性與三無性是唯識學派為說明《般若經》「一切法空」的空性理論，那麼阿賴耶識作為所應知的三性的所依，即是交代一切法乃是緣起的。唯識學派將由阿賴耶識緣起一切法稱為「分別自性緣起」，一般又被稱為「賴耶緣起」或「種子緣起」。
對一切有為法的生起，佛教採取的是「此有故彼有，此生故彼生；此無故彼無，此滅故彼滅」的緣起觀，具體表現在有情的生命上，則是無明緣行，行緣識，識緣名色，乃至生緣老死的十二支緣起，即是因為有煩惱所以造業，因為業的力量所以感得生死的苦果，一般稱為業感緣起。唯識學稱此為「分別愛非愛緣起」，亦即此種緣起乃是可以辨別可愛果與非可愛果的生起的，造善業會有可愛的果報現起，造惡業會有非可愛果報的現起，而唯有去除掉無明等煩惱，才能從不圓滿的生命輪迴中解脫。唯識學認為此種解釋生命緣起的方式，只是從增上緣的角度來說明，無法辨明一切法生起的因緣亦即最主要的條件。
唯識學主張一切法生起的因緣是被攝藏於阿賴耶識當中的種子，我們之所以會有無明的現起，是因為在阿賴耶識中有無明的種子，會造業是因為有思心所的種子，而感果時苦受現起則是因為有苦受的種子，修行實踐不只是讓煩惱不生起，還要去掉攝藏於阿賴耶識中的煩惱種子。唯有深刻辨明一切法各別擁有不同的自性 (svabhāva) 亦即特徵，並了解到此一一自性皆在阿賴耶識中有其自身的種子，如此才不會落入像外道以錯誤的第一因為一切法生起之因的謬誤，如數論學派以「根本原質」（prakṛti，漢譯有時也譯為「自性」），為一切萬有的根本因，並主張因中有果論，或如吠檀多學派主張梵我乃是一切萬法究竟的實體。所以唯識學將阿賴耶識緣起稱為「分別自性緣起」。[15]
部派佛教的說一切有部將一切法分類為五位七十五法，唯識學承襲此但分為五位百法，除去作為無為法的六法外，其餘的心法、心所有法、色法、心不相應行法，共有九十四種有為法。除去某些法乃是以其他更為基本的法為自性（如心不相應行法並非實有其自性，而是心、心所、色法的分位差別亦即特殊的狀態）外，每一個法都有它自身的自性亦即特質，而其連續性依靠阿賴耶識當中的種子來保持。這相當程度保有了說一切有部對現象說明所採取的「質的多元論」，但也糾正了說一切有部對「因緣」的疏闊定義。
如一個人的貪煩惱乃是對於生命的存在以及對維持存在所需的資生具的染著，此貪煩惱所具有的這個特質，是它和其他的法不一樣的地方。貪煩惱之所以會生起，最主要的原因不是因為對象的誘惑，而是因為在我們的阿賴耶識當中有貪煩惱的種子之故。由貪煩惱種子生起貪煩惱的現行，再由貪的現行熏習貪種子，這樣的熏習是在同一個剎那產生的，唯識學將此稱為「三法（種子、現行、種子）展轉，因果同時」。而當我們沒有貪煩惱現起時，貪種子還是持續存在於阿賴耶識當中，以種子前滅後生的方式維持其連續性，中國法相宗稱之為「種子生種子」。
唯識學藉此賴耶緣起的提出，其中一個意圖乃是解決凡夫若無煩惱在當下現起，如何與聖者有別的問題。有關此問題，說一切有部認為有非心非色的「得」此一心不相應行法，凡夫雖然可以暫時沒有煩惱現起，但卻和法體恆存的煩惱具有一個內在的連繫，使得煩惱還有可能在我們的身心相續中生起，所以解脫不是滅除煩惱，而是斷掉與煩惱之間的連繫亦即「得」。經量部反對此而提出種子說，認為凡夫身心會相互影響並保有彼此的影響力，此相互影響會讓身心產生轉變，而其中轉變到達特殊狀態將在下一剎那產生它的果，此一身心相續的特殊轉變（即相續轉變差別）即是種子，凡夫還有煩惱的種子，未來還可以生起煩惱。唯識學繼承此種子說，但修正經量部色心可以互相熏習的想法，而提出唯有阿賴耶識才可以被熏習的阿賴耶識說，主張說凡夫因為在深層的阿賴耶識中還有煩惱種子的存在，遇到適當的助緣就會現起。
值得注意的是唯識學強調我們之所以會有煩惱的現起，最主要的因緣在於有煩惱的種子，所以他人對我們所做的行為等都只是次要的，極力提醒我們修行是一種自我反省、一種當下的承擔。其次也強調煩惱的種子若沒有用智慧加以對治，用譬喻來說若沒有用無分別智之火將種子燒掉，它就會一直被儲存在阿賴耶識當中，維持其自性的不失。
阿賴耶識當中含藏了一切種子，也就成了一切現象生起的根源，由此現起的一切有為法就被定位為具有「依他起」亦即「依於種子而生起」的特質。《辯中邊論》說由此阿賴耶識有顯現 (pratibhāsa) 出對境（artha，義、塵，作為對象的六境）、有情（sattva，根，作為生存者的五根）、自我（ātman，作為意根的未那識）、表象（vijñapti，六識）的四種識（亦即似塵識、似根識、似我識、似識識）現起，前兩者稱為所取，後兩者稱為能取。由於能取、所取所包含的六根、六境、六識的十八界一切法，都不是真實的存在，所以成立一切法唯識。
《攝大乘論》說依他起性的外延指的不外是以阿賴耶識為種子，虛妄分別所攝的十一種識，這十一種識的前五者當中，身識指五根，身者識指末那，受者識指無間滅意（前一刻剛剛消失的意根），彼所受識是六境，彼能受識是六識，合起來也是十八界一切法，只是將意根分成無間滅意根和作為末那識的染污意根。十一識當中的後六識則是前五種識的特殊狀態，世識是時間，數識是數字，處識是有情所住的處所或空間，言說識指語言，自他差別識指的是自身與他者的種種不同，善趣惡趣死生識指在善惡趣當中的生死流轉。這些宇宙當中的各種差別現象，都是在識當中顯現出來的，所以合稱為十一種識。
《成唯識論》則說由阿賴耶識的種子轉變 (pariṇāma) 出一切法來。先由阿賴耶識的種子轉變出八識的現行，此稱為因能變，因為作為因的種子產生的變化。再由現行的八識變現出見、相二分，此稱為果能變，因為作為果的現行八識又再產生變化。所有我們所見的十八界一切法，都不外是八種現行識的相分內境，並無真實存在的外境，所以說一切法唯識。
由於凡夫的識所顯現或轉變出來的對象，是在一種主客對立的格局下呈現出來的，所以這種會現出不真實的客觀（所取）與主觀（能取）的認識，就被稱為「虛妄分別」(abhūta-parikalpa)，而阿賴耶識即是此虛妄分別的根本。若能漸漸地觀察此所取與能取的不實，證得了二取的空性或真如，即可獲得無分別智。轉捨有分別的識，轉得無分別的智，即是所謂的「轉依」。然而值得注意的是，唯識學的法相分析中，認為有分別的識是有為有漏的法，無分別的智是有為無漏的法，轉有漏八識可以得無漏四智，其體無異，就如前所述，在八地前被稱為阿賴耶識者，至成佛時被稱為無垢識。依唯識學之見，只有空性和真如才是無為法。所以《辯中邊論》中說，有為法就是虛妄分別，無為法就是空性時，虛妄分別應該就包含了轉依之後的無分別智。
若說有為法是虛妄分別，無為法是空性，站在三界唯心、一切法唯識的立場，所有的有為法都被收攝於作為虛妄分別的識當中，但是它與無為法是一個什麼樣的關係呢？依《辯中邊論》所言，在談虛妄分別有有相與無相時，特別說「虛妄分別中有空性，空性中有虛妄分別」，這可以說就是《般若心經》中「色即是空，空即是色」的唯識學解釋，只是唯識學用了「虛妄分別」來代替色、受、想、行、識的五蘊，而且用了「A 當中有 B」來代替了「A 是 B」。
此問題也與《成唯識論》在解釋若有作為無為法的空性、真如時，如何可說一切法唯識有關。若說一切法分成心法、心所有法、色法、心不相應行法、無為法的五位，之所以可以主張一切法唯識，是因為心法是識的自性，心所有法是識的相應，色法是識所變現，心不相應行法是識的分位差別亦即特殊狀態，無為法則是識的實性。[16]此處說無為法是識的實性，即不外《辯中邊論》中所謂的「虛妄分別中有空性」。但如何理解「識的實性」卻是必須要特別注意，不可直接就與如來藏的「心性本淨」做連結，也不宜由此認定有真妄和合的賴耶存在。
隨著阿賴耶識意義的擴大，變成是持續存在且與前六識或前七識並行的獨立的識，就必須面對「既然它是一個獨立的識，那麼這個識在認識對象時所展現的相貌是如何，它所認識的對象又是什麼」的質疑，亦即阿賴耶識的「行相」與「所緣」為何的問題。若以法相宗的教義來說，每一個識皆具有四分，那麼阿賴耶識作為能緣的見分與作為所緣的相分到底是什麼。譬如眼、耳、鼻、舌、身、意六識的行相為見、聞、嗅、嚐、覺、知，所緣是色、聲、香、味、觸、法。《唯識三十頌》以「不可知執受處了」來回答，也就是說阿賴耶識以「兩種執受」以及「處」來作為其所緣，相對於前六識取境時所表現出來見、聞、嗅、嚐、覺、知的相貌粗顯易為我們所知，阿賴耶識在取這些所緣境時是一種的微細的了別，不是一般人所能知曉。
兩種執受亦即「根身執受」與「種子執受」，更清楚地來說，應該是阿賴耶識乃是以「被執受的根身」與「被執受的種子」為認識對象。本來阿賴耶識具有執受根身讓其在一期生死中不會壞去，還具有執持種子讓其保有在未來生起的可能性，從認識的角度來看時，它們就變成是所認識的對象。至於「處」即是所謂「器世間」，亦即是生在同一趣的有情同見的山河大地等共同的環境。唯識學派在解釋為何我們前五識所見的性境具有一定的客觀性，不會隨我們的主觀想法而改變時，即是說前五識所見的境在生起時，有阿賴耶識當中的所緣器世間來作為其依託，所以有其相對的穩定性與共通性。此時前五識所緣的相分內境被稱作親所緣緣，而此一在阿賴耶識當中現起作為五識相分之依託的器世間，即被稱為疏所緣緣，因為相對於五識的見分而緣，是較為疏遠的。
唯識和如來藏思想可以說是印度中期大乘佛教的重要思想，前者主張一切法唯識，後者主張一切眾生皆有佛性亦即如來藏，可以說同屬唯心思想，和主張一切法空的中觀思想有其差異性。兩者在面對《大乘阿毘達磨經》所謂「無始時來界，一切法等依，由此有諸趣，及涅槃證得」的經說時，要為一切雜染與清淨諸法找到其共同所依亦即其「因」（界有「因」義）時，唯識學說此「界」即是能含藏一切諸法種子的阿賴耶識，而如來藏思想則認為應該是眾生無始時來本具的如來藏。
唯識學派所提出阿賴耶識來說明雜染法與清淨法的生起，就阿賴耶識是異熟果報識本身即具有被業力所束縛的負面意義，說其執受根身、執取自體雖然可以單純做生理學的維持義，但從佛教對現實生命為苦諦所攝的立場，究竟而言它還是屬於和雜染相關的，阿賴耶識又被視為根本的虛妄分別，和所謂的相縛、粗重縛等有本質上的連接，需要轉捨阿賴耶識的雜染狀態，才能達到清淨。從以阿賴耶識為根本的心識與真如的關係來看，不管說真如是「識的實性」或者是「心的本性」，都不是說我們的心本具有像如來一樣的大智、大悲、大定、十力、四無所畏、十八不共法等有為功德。而是說我們的心識儘管在生起時有無明等煩惱現起，無法如實照見心識的所取是空，能取也是空，但這不妨礙心識本身所呈現的所取、能取是空，從另一方面來說，我們執著有真實的我、真實的法，並不妨礙其本身是人無我性、法無我性，所以所謂的真如即是無我性。真如是識的實性或心的本性，是說真如即是識的無我性，這種無我性同時也是不生不滅的、常住不變的、勝義善的、清淨的、光明的，是屬於無為功德。[17]凡夫頂多只有這些有為無漏功德的種子，而它們含藏在屬於雜染的阿賴耶識當中，透過親近善士、聽聞正法、如理思惟、法隨法行的聞、思、修過程，才能夠現起。
如來藏思想主張真如與心識合一，在如來藏亦即如來胚胎中即具有不生不滅的真如法性，同時也具有如來的大智、大悲、大定等功德，如來藏被從真如法性這一面定位為是不生不滅的，所以與其綜合統一在一起的如來的大智、大悲、大定等功德也不是有為功德，變成是無為功德了。
如來藏經典《楞伽經》提出了「如來藏藏識」(CBETA, T16, no. 672, p. 619, c23-p. 620, a9) 的概念，將阿賴耶識吸收到如來藏的系統當中。在《大乘起信論》當中，則是在解釋一個眾生心所具的真如門與生滅門當中，解釋生滅門時說「心生滅者，依如來藏故有生滅心，所謂不生不滅與生滅和合，非一非異，名為阿賴耶識」，也就是本具如來功德亦即覺性的清淨眾生心，被生滅的雜染法所熏習，兩者綜合統一在一起，稱為阿賴耶識。一般稱此為真妄和合的阿賴耶識，與唯識學作為雜染根本的阿賴耶識也有根本的不同。作為《大乘起信論》譯者的真諦，在其所譯的《攝大乘論釋》與阿賴耶識相關的部分出現「解性」，就被看作是「解性賴耶」，常常被看作是《起信論》式具本覺的阿賴耶識。中國的地論宗、攝論宗與法相宗，說阿賴耶識唯妄、唯真或真妄和合，即是與此有密切關係。
以上分別論述了阿賴耶識相關的主題，但還有許多值得探討的問題，如阿賴耶識在緣起諸法時，唯識學派用顯現或轉變來說明，其中有相當複雜的文獻與義理問題值得關注。阿賴耶識中的種子若說只有一種即是名言種子，若分為兩種則會從名言種子又分出異熟種子，若分成三種則會再加上有支種子（即業種子），可見名言種子的重要性以及與阿賴耶識的意義有本質性的關連。井筒俊彥曾從語言的角度來談名言種子的意義，是未來值得探索的主題。阿賴耶識也曾受到日本批判佛教的批評，說它是一個「基體」（dhātu，界），從此基體生起一切法，是違反佛教的緣起與空義的，其批評是否合理，值得關注。當然阿賴耶識與現代心理學家佛洛依德、榮格所主張的潛意識、集體潛意識之間有何異同，也是值得研究的問題。
補充：〈山部能宜歸納 Schmithausen 有關阿賴耶識成立後與其他概念結合的過程〉(2012:194-196)
阿賴耶識本來只是滅盡定此一心識中斷期間用以連接入定前後心識的橋樑 (3.0.2)，但其後與無想定、無想天 (3.2.1-2)、結生相續 (3.3.0)、異熟 (3.3.1.4) 等概念產生關連，使其機能擴大。阿賴耶識變成是持續存在者，不限定只是在滅盡定期間 (3.3.2.2)，隨之也與一切種子識 (3.4.2) 結合。隨著阿賴耶識被認為是持續存在者，阿賴耶識也就變成在一生中維持身體的機能者 (3.5)。內在遍滿於身體，以維持身體，這樣的機能在〈攝抉擇分〉的「八論證」中，成為阿賴耶識的核心機能 (3.7.1)，若根據《阿毘達磨雜集論》也引用到的《顯揚聖教論》的記述，在初禪和二禪中，阿賴耶識似乎被認為以輕安充滿身體 (3.2.7)。隨著阿賴耶識有連續的作用，轉識和阿賴耶識也變成同時存在，而〈本地分〉不承認複數識的同時存在，在「八論證」中則被積極承認 (3.8.1-3)。而與結生相續有關，當我們關注轉生到無色界的情況時，阿賴耶識就不單單只是依存於身體，其自體也就被看作為有情的所依 (3.9.2.6)，接著就被看作是有情的基本構成要素 (3.10.3)。而且阿賴耶識就被看作是執著的對象、異熟。
阿賴耶識本來被看作是能維持生命，帶有正面意義者，但是在佛教當中，生命是充滿無常、苦，帶有粗重的 (4.1.1-2)。瑜伽行派將粗重和種子視為同一，保持種子的阿賴耶識也就必然帶有負面的側面 (4.1.3-4)，接近於有取識 (upādāna-vijñāna) (4.3)。在《解深密經．心意識相品》當中，也就帶有生理上的生命維持以及對輪迴生存的執著的兩個機能 (4.4.2.1-2)。承襲此，在〈攝抉擇分〉的「流轉分」當中，阿賴耶識就被看作是我見的對象，在「還滅分」當中就被看作是一切雜染的根本 (4.2.7)。另外一方面，出世間種子也被認為存在於阿賴耶識中，但是在作為雜染根本的阿賴耶識中，使其包攝有清淨的因，帶有理論上的困難 (4.8.1-4)。因此，在〈攝抉擇分〉的「有心地」當中，作為雜染之根本的機能被轉移到未那識 (4.10.1)。
另外一方面，為了將阿賴耶識當作獨立的識來處理，就如在阿毘達磨的定義中所見，它認識到某個對象（境、所緣），同時必然伴隨有心的作用（心所）(5.2)。在〈本地分〉當中並沒有特別討論這些問題，但是由於阿賴耶識被認為是異熟，它也就被與中性的感受（捨受）拉上關係 (5.4.1)。另外一方面，在〈攝抉擇分〉的「阿賴耶識的八論證」中，阿賴耶識和身體的感受拉上關係 (5.4.2)。這可能跟阿賴耶識和粗重，有時也和輕安拉上關係是有關係的 (5.4.2.1)而且在「八論證」當中，阿賴耶識被認為是以外界（器世間）和身體（所依）為認識對象的 (5.6.2)，進而在「流轉分」當中，習氣就也被看作是其對象了 (5.6.3.2)。只是在無意識狀態下的滅盡定中也持續存在的阿賴耶識的認識，被認為是微細的 (5.7)。有關於心的作用，到了「流轉分」，就被看作是與最普遍且基本的五種心的作用亦即與對象的接觸（觸）、感受（受）、觀念化（想）、意志（思）、注意（作意）相應，但是這些也是微細的 (5.9)。在被歸為彌勒所作、且有濃厚大乘色彩的諸論書（《大乘莊嚴經論》、《中邊分別論》、《法法性分別論》）當中，避免用「阿賴耶識」一詞本身 (5.11.1-3)。另外一方面，在無著的具有濃厚阿毘達磨傾向的《攝大乘論》、《阿毘達磨集論》（特別是前者）當中，阿賴耶識被當作重要概念來處理，但是幾乎沒有出現有關其認識對象和心的作用（心所）的討論，阿賴耶識基本上只不過是種子的總體 (5.12.1-2)。在世親的註釋文獻和《三性論》也是同樣的 (5.13.1)。另外一方面，在作為《俱舍論》作者的世親的著作（《成業論》、《緣起經釋》、《五蘊論》）也未詳細說明阿賴耶識作為識的側面，詳細論述阿賴耶識的認識對象和心的作用的問題的只有《三十論》(5.14.1-2)。
[1] 《唯識學探源》：「唯識學裡，阿賴耶有多樣的解釋，比較共同而更適當的，是『家』、『宅』（窟宅）、『依』、『處』，唐玄奘旁翻做『藏』，也還相當的親切。根據各種譯典去領會阿賴耶的含義，可以分為『攝藏』、『隱藏』、『執藏』，但這是同一意義多方面的看法。這可以舉一個比喻：一張吸水紙，吸飽了墨汁，紙也變成了黑紙。在這紙墨的結合上，可以充分表顯賴耶的含義。像紙能攝取墨汁，紙是能攝藏，也就是墨汁所攝藏的地方。無著論師的賴耶，有能藏、所藏義，就是這攝藏的能（主動）所（被動）兩面的解釋。這攝藏的要義是『依』。又像紙吸了墨汁，墨色就隱覆了紙的本相，紙的本相也就潛藏在一片黑色的底裡；這就是隱藏的能所兩面觀了。一分唯識學者，忽略了這一點，結果不要說《楞伽阿跋多羅寶經》，就是看為最重要依據的《解深密經》裡的阿賴耶的定義，也被遺棄。這隱藏的要點是『潛』。又像墨汁固然滲透到紙的全身，紙也有它的吸引力，這就是執藏的能所兩面觀；它的要義是『係著』。一分唯識學者，但取了賴耶的被執著，忽略它本身的執取力，它們好像賴耶是沒有能執著的作用一樣。其實不然，像《俱舍論》（卷一六）引經說：『汝為因此起欲、起貪、起親、起愛、起阿賴耶、起尼延底、起耽著不？』阿賴耶有能著的意義，經文是何等明顯！《增一阿含經》所說的阿賴耶，有部學者，也有說它是『薩迦耶見』，是『見』，也是在說明它的能取能著。如阿賴耶沒有被解為能取能著的可能，那這些學者簡直是胡說了。要知道一字作能所兩面的解釋，不但有能藏所藏作前例，也是文字上普遍的現象。
阿賴耶的本義是『著』，但一經引申，就具有廣泛的含義。它比阿陀那、毗播迦（筆者按：即vipāka異熟）、心、意、識，更能適應細心多種多樣的性質，它也就自然被人採用作細心最正規的名字。阿賴耶是近於愛欲的煩惱，本與種習沒有必然的關係；但因它與本識有關，在這微細的煩惱中，附帶的加以說明。」(CBETA, Y10, no. 10, pp. 142a13-144a9)
[2] 如真諦譯《轉識論》（《唯識三十頌》異譯）中說：「次明能緣有三種，一、果報識，即是阿黎耶識。二、執識，即阿陀那識。三、塵識，即是六識。」 (CBETA, T31, no. 1587, p. 61, c8-9)
[3] 長尾雅人《『大乗荘厳経論』和訳と註解》，p.88ff。從梵文本可以見到有所相、能相、表相三者，但是在波羅頗蜜多羅的漢譯中只有所相與能相，將表相歸入到能相中。
[4] 此為該書的分節，下同。
[5] 《雜阿含經》卷21：「壽暖及與識，捨身時俱捨，彼身棄塜間，無心如木石。」(CBETA, T02, no. 99, p. 150b9-10)
[6] 宇井伯壽（1958：175）在研究〈攝抉擇分〉有關阿賴耶識的「八相論證」後，說：「此第一相最為所有的註釋者所重視，但是，事實上，這可說是已經假定有阿賴耶識存在而有的議論，不是純粹的存在論証，此同時也包含了有關阿賴耶識性質的大體論述。在這點上，顯示出其預想了阿賴耶識作為輪迴主體。就阿賴耶識而言，這是其根本的要求。」
[7] 橫山紘一（1979：114）：「輪迴的主體為何？這樣的提問確實是發現阿賴耶識的一大動因。但是直接的要因是瑜伽實踐中的心理體驗、心理分析」；袴谷憲昭（1978：21）同樣也是在研究過「八相論證」後，有感而發地說：「這些論證的簡潔素樸，令人感到或許在論證之前，他們已經先直觀到且相信有稱為阿賴耶識的整體意識之流」，主張在思想史事實的背後隱藏有對意識之流的直觀；山部能宜（2012：201-204）也極力強調禪觀與阿賴耶識的關係。
[8] 可參考山部能宜（2012：198-200）。
[9] 見《瑜伽師地論》卷51 (CBETA, T30, no. 1579, p. 579a18-c22)。現代研究可參考袴谷憲昭（1978a：339-351）
[10] 業因業果之間的連結是一種異熟因果的關係，所謂「因有善惡，果唯無記」，善的行為會引發未來的樂報，惡的行為會引發未來的苦報，而苦、樂的感受並沒有善惡可言，所以說果唯無記。若就更深層來說，善惡的業因會引發此世總體的果報，或生在天、人、阿修羅的三善趣，或生在地獄、餓鬼、畜生的三惡趣，唯識學派用阿賴耶識來說明這總體的果報，生在人趣有人趣的阿賴耶識的產生，生在餓鬼趣則有餓鬼趣的阿賴耶識，而此阿賴耶識乃是無覆（不會障礙正確修行道的產生）無記（無法記別為善或惡）性。平常的六識乃至於與六識相應的苦樂感受，都是從此作為總體異熟果報的阿賴耶識所產生的，也稱之為「異熟生」，而非「真異熟」。而一般所謂「善有善報，惡有惡報」，並不是說由善的業因業產生的業果本身還是善，而是說善的業因必然會有「酬報此善因的果報」，方便將此非善非惡的無記果報稱之為「善報」而已。
[11] 14種系統性脈絡包括了連續且同一的輪迴與解脫的主體、業與業果的連結、入出滅盡定前後的連結、必須有一接受薰習且執持種子者、我想與我執最原初且同一的基礎、決定一期生死間生命基本型態的果報總體者、作為生命原理以維持肉體運作的心、入胎識、死時身分漸冷、前三禪身受、對事物的知覺總是伴隨有對器世間（客觀環境）以及個體根身（身體）的知覺、雜染的基本原理、粗重的總和、行苦或苦諦的本質。6種解釋性脈絡包括為了解釋以下的經說：十二因緣當中的「行緣識」與「取緣有」、識與名色的相依、滅盡定中識不離身、壽煖識三不離身、四食中的識食、入胎識。（Schmithausen 1987：1.3.1-1.3.2）
[12] 真諦譯《攝大乘論》世親釋曾言：「本識是集諦，故名種子；是苦諦，故名果報。他因故名種子，他果故名果報。」（大正三一．171c）明白地說到本識亦即阿賴耶識同時是集諦也是苦諦。
[13] 後來的發展中，出現「解性賴耶」、「真妄和合賴耶」等說法，與無漏種子內藏其中有相當密切的關係，但從果報識的角度來看，賴耶當屬雜染。故印順法師在分判大乘三系時，將瑜伽行派稱為「虛妄唯識」，其他兩派為性空唯名的中觀學派、真常唯心的如來藏學派。
[14] 依法相宗，無垢識乃是轉第八阿賴耶識所得，其體並非恆時清淨，不同於將阿賴耶識等同阿摩羅識（amala-vijñāna，無垢識的音譯），並視賴耶為本自清淨或真妄和合的想法。
[15] 有關分別自性緣起的意義，詳細陳一標（2005：89-91）。
[16] 《成唯識論》卷7：「識言總顯一切有情各有『八識』、『六位心所』、『所變相、見』、『分位差別』及『彼空理所顯真如』。〔五位當中的心法乃是〕識自相故，〔心所有法是〕識相應故，〔色法乃是心王、心所〕二〔者〕所變故，〔心不相應行法乃是心王、心所、色法〕三〔者的〕分位〔差別〕故，〔無為法則是前四者亦即心、心所有、色、心不相應行法〕四〔者的〕實性故。」(CBETA, T31, no. 1585, p. 39c20-23)
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